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仲景《伤寒论》以条文形式著成，经过后世众多医家之手予以重新编次整理，其原貌已不得而知；又因其成书于汉代，后世多目其为精奥古籍。有朱肱、庞安时、成无己注解于前，陶节庵、方有执、喻昌等阐晰于后，或引经疏注，或附意发挥，各具匠心，均有功于仲景。而柯琴《伤寒来苏集》，则一改研究仲景《伤寒论》的成法，以六经病证为纲目，“分篇汇论，挈其大纲，详其细目，证因类聚，方随附之”，将《伤寒论》原书397条、112方分门別类，以六经为纲，以方证为目，因经以聚方，因方以论证，因证以议药，使《伤寒论》全书体现了一种新的条理性、系统性，更贴近临床辨证论治思维。也因这一创新，开辟了研究《伤寒论》的新途径，使仲景之术更易为习医者所接受，理解和运用更趋容易，成为后世推崇的研究《伤寒论》的重要典籍。
1．对《伤寒论》全书的重新条理，见于柯氏《伤寒论注》。其编撰体例在“凡例”中柯氏说得很清楚：“琴有志重编，因无所据，窃思仲景有太阳证、桂枝证、柴胡证等辞，乃宗此义，以证名篇，而以论次第之。虽非仲景编次，或不失仲景心法耳。起首先主总纲一篇，令人开卷便知伤寒家脉证得失之大局矣。每经各立总纲一篇，读此便知本经之脉证大略矣。每篇各标一证为题，看题便知此方之脉证治法矣。是编以证为主，故汇集六经诸论，各以类从其证。是某经所重者，分别某经，如桂枝、麻黄等证列太阳，栀子、承气等证列阳明之类。其有变证化方，如从桂枝证更变加减者，即附桂枝证后，从麻黄证更变加减者，即附麻黄证后。”这种重编体系，使伤寒病证的概念更趋清楚明晰。如首篇“伤寒总论”汇集全书有关外感伤寒的总概念，体现仲景论述伤寒病证的基本观点。
“病有发热恶寒者，发于阳也；无热恶寒者，发于阴也。”“发于阳者七日愈，发于阴者六日愈，以阳数七、阴数六故也。”“脉有阴阳，何谓也？答曰：凡脉浮、大、滑、动、数，此名阳也，脉沉、弱、涩、弦、微、迟，此名阴也。”“凡阴病见阳脉者生，阳病见阴脉者死。”“伤寒一日，太阳受之，脉若静者为不传。颇欲吐，若躁烦，脉数急者为传也。”“伤寒六七日，无大热，其人躁烦者，此为阳去入阴故也”等等，这些原本散见于各篇的条文，本身具有阐述全部伤寒病证的特色，而并不专指某一经病证，伤寒阴证阳证的特性、诊察要点、病传的识别要点、病证的预后转归等，集中反映为总论，反到更有利于对各经病证的认识。
在各经病证中，每经病的总纲也具有集中反映该经病证的特点。
在以方证为目的体系中，有关该证的各种不同证型，病情的不同变化，失治、误治后的辨证等，实际上都反映在“方”的变化运用中，这一体系规范整合了仲景的辨治思路，更有利于临床对病证的辨证论治。如“桂枝汤证上”集中了运用桂枝汤的全部条文，实际上是桂枝汤在临床中运用的多种范例，对桂枝汤的运用和桂枝汤证的理解，无疑具有更切合实际的指导作用。“桂枝汤证下”整合了全部桂枝汤变局的各种方证，反映了“中风”证的失治、误治、坏证、变证的不同辨证。如：“服桂枝汤后大汗出，脉洪大者，与桂枝汤如前法。若形如疟，日再发者，汗出必解，宜桂枝二麻黄一汤。”“太阳病发汗，遂漏不止，其人恶风，小便难，四肢微急，难以屈伸者，桂枝加附子汤主之。”“发汗后身疼痛，脉沉迟者，桂枝去芍药生姜新加人参汤主之”等等。将原本见于不同篇章的桂枝汤变通方证汇集于一篇，这对于如何在临床上灵活运用桂枝汤，如何加减运用于各种变局，如何救治不同变证，显然具有更现实的指导价值。在其他各方证的编撰中，这种优势都完美地得到了体现。
于仲景原文的注疏，柯氏行文亦以简捷畅晓、清晰明了为特点。如“桂枝去芍药生姜新加人参汤”证的诠释：“发汗后身疼痛是表虚，不得更兼辛散，故去生姜；沉为在里，迟为在脏，自当远阴寒，故去芍药；当存甘温之品以和营，更兼人参以通血脉，里和而表自解矣。名曰新加者，见表未解无补中法，今因脉沉迟而始用之，与用四逆汤治身疼痛、脉沉迟之法同义：彼在未汗前而脉反沉迟，是内外皆寒，故用干姜生附大辛大热者，协甘草以逐里寒，而表寒自解；此在发汗后而脉沉迟，是内外皆虚，故用人参之补中益气，以率领桂枝甘枣而通血脉，则表里自和也。此又与人参桂枝汤不同：彼因妄下胃中虚寒，故用姜术，尚协表热，故倍桂甘；此因发汗不如法，亡津液而经络空虚，故加人参，胃气未伤，不须自术，胃中不寒，故不用干姜，此温厚和平之剂。”就汗后病证变化机理，何以欲用本方，与四逆汤证、人参桂枝汤证的区別等临证要点，均跃然纸上。
2．注疏诠释仲景原文见于《论注》，而阐释发掘，引仲景之文立论则见《论翼》。其推重仲景《伤寒论》，強调六经辨证的重要性，谓“仲景之六经原为百病立法，非为伤寒一科，伤寒、杂病，治无二理，咸归六经节制”等重要学术心得，即备载于《论翼》一书。是柯氏毕生研究仲景《伤寒论》的学术结晶，故章太炎认为其学术成就尚在《论注》之上。
历代不少医家以伤寒六经为足之六条经脉，以之立论诠释仲景《伤寒论》，曾招不少诘难。柯氏的重要成就之一，即是认为六经不专在经络上立说，而是以六经赅全体，犹如地面，创“六经地面说”，将六经辨证引入辨证论治的新境地。这一论点得到后世众多医家的赞誉，其比喻论述，见其“六经正义”篇。
伤寒六经病证的合病并病，始终是《伤寒论》研究的难点，如何由难返易，由博返约，清晰地理解与掌握，最是伤寒学者所期冀的，柯氏则在“合并启微”一篇中给予了简约论述。是独经病，还是合病并病，不仅仅是个概念的理解问题，更重要的是如何根据病证之所在而确定治法，选用方剂，因而是临证应当弄清的概念。如何理解，首先是分辨的原则和标准，再根据这个原则来认识。柯氏指出各经主证主脉就是代表本经病的标尺，用它来衡量是合是并，孰轻孰重，孰主孰次，可以说是清楚明白，一目了然。
其余诸篇，均有其独到的发人深省之论，研读《伤寒论》，柯氏之学确有诸多过人之处，是为不可不读之书。
3．《附翼》一书，专为解读仲景方而设。立方本旨，运用范围，药效特点，加减变通，多证比较，方证要点，孰可用而孰当忌，无不条分缕析，明白暢晓。后世选论仲景方者，无不视柯氏为仲景方论述大家，几有舍其不成方论的趋势。当然，其论述各方的全面而详细，本也足以让后人称道。