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《内经》不仅有关于脏腑与时辰相配属的认识，而且还根据经脉自身的特点，提出了经脉与时辰的配属关系。古人在天有十二月、地有十二水、日有十二时（辰）、人有十二经的“天人相应”思想指导下，逐渐发现了十二经脉流注的先后顺序及其与十二时辰的配属关系。
《灵枢》的《经脉》和《营气》等篇记载了十二经脉流注交接次序。如《营气》篇关于营血流注过程的记载，说明十二经脉交接的先后顺序是从肺经开始，而大肠经，而胃经，而脾经，而心经，而小肠经，而膀胱经，而肾经，而心包经，而三焦经，而胆经，而肝经，复从肝经注入肺经，周而复始，循环无端，日夜运行五十周。经脉之所以有自手太阴至手阳明……至足厥阴，复至手太阴有序交接，是由十二经脉之间阴阳表里及相互联络的特定结构所决定的。至于营血的流注为何从手太阴经开始，而肺为十二经之首呢？其原因主要有二：首先，由于阴阳互根，营行脉中属阴，卫行脉外为阳，阳气需赖阴精的主持与滋养，所以卫气虽日行于阳，夜行于阴各二十五周，但肾主藏阴精，故每周必交会于足少阴肾经一次，即《灵枢·邪客》所谓“常从足少阴之分”；而营血属阴，阴血必赖气之统帅和推动，肺主气，故其运行每周必从手太阴肺经开始。其次，营血的生化，虽然始于中焦，但水谷精微之气须“上注于肺脉，乃化而为血”（《灵枢·营卫生会篇》），所以营血的运行亦必从肺始。
在认识到十二经脉流注交接次序后，医学家在实践中，尤其是针灸实践中，进一步观察到某经疾病，在特定的时辰里施用治疗，较其他时辰疗效显著，进而发现了时辰与经脉的关系。即以寅时配属肺经，《灵枢·阴阳系日月》云：“寅者，正月之生阳也。”《史记·律书》亦云：“寅言万物始生”。在十二月中，寅属正月，为生阳之气，同样一昼夜中寅主生阳，为十二时辰之首。由于手太阴为十二经之首，而“寅”是一天之中阳气初生之时，故寅配属手太阴经，可见，“寅”时与手太阴配属是这一理论的关键。寅时配属肺经确定后，其余各经便自然成有序排列。其配属次序正是《灵枢·营气》等篇记载的营气在十二经中流注的次序，即卯时配属大肠经、辰时配属胃经，巳时配属脾经、午时配属心经、未时配属小肠经、申时配属膀胱经、酉时配属肾经、戌时配属心包经、亥时配属三焦经、子时配属胆经、丑时配属肝经。与五脏是指五个功能活动系统一样，这里的十二经，也是指包括了经别、经筋、络脉和皮部等在内的十二经生理功能活动系统。
根据经脉与时辰的配属关系，便可以指导临床运用。临床上，此理论主要运用于时间疾病。首先判断病证是在那个时辰加重、出现、减轻或消失，其病位即与该时辰相对应的经脉或其所属的脏腑有关，然后根据脉证的具体情况，判定其证得虚实寒热，作为进一步治疗的依据。如寅时为手太阴主时，病有寅时阵发咳喘者，可诊为肺经病，此时可取肺经穴针灸治疗，或用入肺经之药。不仅如此，由于该理论确定了经脉与时辰的对应配属关系，所以也成为了后世子午流注针法的主要理论依据，为其形成与发展奠定了重要基础。
至于时辰与经脉配属的机理，古今医家大多根据《经脉》、《营气》等篇关于营气在十二经流注的记载，认为营气、卫气或经气流注到某经，使某经气血旺盛之时，便是其所配属的时辰。实则，我们认为，时辰与经脉配属的实质，是每值某经所配属时，则该经功能活动相对旺盛，自身敏感性增加。因而，能对针灸等治疗效果产生影响。这一配属和时辰与脏腑配属同一道理，是人类在长期生存并适应这个具有明显节律变化的环境中所形成的。
值得说明的是，在《内经》“天人相应”和昼夜阴阳消长的理论指导下，张仲景在《伤寒论》提出六经病各有“欲解时”之说，即“太阳病欲解时，从巳至未上。”“阳明病欲解时，从申至戌上。”“少阳病欲解时，从寅至辰上。”“太阴病欲解时，从亥至丑上。”“少阴病欲解时，从子至寅上。”“厥阴病欲解时，从丑至卯上。”说明“六经”与时辰有特定的关系，但是由于各经之病的欲解时，都涉及到三个时辰，因而对各“经”与时辰的具体配属，主要有三种解释。其一，以每经各配两个时辰，六经合为十二时辰，共一昼夜。即子丑配少阴、寅卯配厥阴、辰巳配少阳、午未配太阳、申酉配阳明、戌亥配太阴。由于此配属明显与经文不符，所以未被医学界广泛接受。其次，以每经各配属三个时辰，这样势必导致其中四经配时重复，另两经则无重复。因而缺乏统一性和规律性，亦未完善。再次找出各经欲解的“中心时”，如“从巳至未上”，以午时为中心，则太阳病欲解时早不过巳，晚不过未。如此，卯配少阳、午配太阳、酉配阳明、子配太阴、丑配少阴、寅配厥阴。这种解释与经文记载相符，我们认为尚可从。
《伤寒论》“六经”命名，即含各经阴阳多少之意。在三阳中，太阳的阳气最盛，少阳的阳气最少，阳明介于两者之间；三阴中，太阴的阴气最盛，少阴的阴气稍盛，而厥阴则是阴阳交换之经，因而阴气最少。昼为阳，故与“三阳经”相配，“阳气者，一日而主外，平旦人气生，日中而阳气隆，日西而阳气已虚”，故卯时配属人身之少阳；午时配属人身之太阳；酉时阳气虽虚，但仍盛于卯，故与阳明相配。夜为阴，故与“三阴经”相配。夜半子时，自然界阴气正盛，阳气潜萌于下，故与人身之太阴相应，丑时阳气虽渐长，但阴气尚盛，故与少阴相应；寅时阳气渐长，阴气将尽而未尽，故与厥阴相应。“六经”与时辰相应如此，因而各经在其所配属的时辰内，功能相对旺盛，这也就是“欲解”的内在依据，其与脏腑主时的道理是一致的。掌握“六经”与时辰相应的配属，不仅对《伤寒论》所述疾病，而且对某些内科杂病的病情预后、服药时间的选择，以及治疗等，均有很大的临床指导意义。
以上介绍了十二经脉时辰配属和六经时辰配属，应值得注意的是，临床上，六经时辰配属主要适用于外感热病及某些内科杂病，而十二经脉时辰配属则主要运用于经脉病变。