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陈实功临证治疗外科疾病主张内外结合，口服与外敷药物兼顾，灸法与针刀器械并举，重视疮疡善后，因而成为外科领域中正宗学派的代表人物，对后世祁坤、吴谦影响较大。
1、疮疡病因
1．1内因陈氏指出，七情六欲(喜伤心，怒伤肝，忧伤肺，思伤脾，悲伤于魂魄，恐伤肾，惊伤胆，耳听声音，眼观物色，鼻闻香气，舌贪滋味，心帷大地，意幄万方等)均可耗伤元气，导致疮疡。故云：“内因者，皆起于七情蕴结于内，又兼厚味膏粱熏蒸脏腑，房欲劳伤亏损元气，乃五脏受之，其病由此内发者，但发之多在富贵人及肥胖者十有八九。”(《外科正宗·病有三因受病主治不同论第十二》)“盖情欲之动作，无所不好，无所不为……诸病诸疮，尽皆出于此等之情欲也。医者、患者亦宜慎察之。”(《外科正宗·痈疽原委论第一》)
1．2外因 “外因者，皆起于六淫体虚之人，夏秋露卧，当风取凉，坐眠湿地，以致风寒湿气袭于经络；又有房事后得之，其寒毒乘虚深入骨髓，与气血相凝者尤重；或外感风邪，发散未尽，遂成肿痛，此肌肉血脉筋骨受之，其病由此外来者，发之多在不善调摄，薄劳碌人，十有八、九。”(《外科正宗·病有三因受病主治不同论第十二》)
1．3不内外因饥饱劳役，喜怒不常，饮食者冷热不调，动作者勤劳不惜，“以致脏腑不和，荣卫不顺，脾胃受伤，经络凝滞。故为疾者，外无六经形症，内无便溺阻隔，其病多生于膜外肉里肌肤之间，似瘰疬、痰注、气痞、瘿瘤之属。”
2、辨治疮疡经验
陈氏根据疮疡发病部位、疮形、病程、年龄、脉象、病变涉及脏腑、局部与整体关系、精神状态、气血盛衰、标本缓急，辨别属于阴证与阳证，并将疮疡局部变化分为“初生”、“将溃”、“溃后”三个不同阶段，结合全身情况，确定治疗大法。主张以内治为主，内外并举，保护元气，顾护脾胃。
2．1 内科治疗
陈氏采用消、托、补三法治疗疮疡，初期以消法(包括汗、下、温、清、行气、和营)为主；疮疡后期及溃疡早期，以托法(包括扶正托毒、透脓托毒、排脓托毒)为主；溃疡后期以补法(包括补气血、调脾胃、益肝肾等)为主。
2．1．1消法如痈疽初起，或七日之内，或已灸之而未用他药，宜用蟾酥丸或万灵丹发散毒邪，从汗而解；掀痛势甚，烦躁饮冷，舌干口燥者，火在上，宜清之；肿硬痛深，口干便秘，身热脉实者，邪在里，宜下之；肿痛坚硬，背如负石，恶心干呕，邪毒在内，解毒拔之。可选用内疏黄连汤、四顺清凉饮、内消沃雪汤，兼有表症者，用防风通圣散去麻黄。
2．1．2托法疮溃脓后，五脏亏损，气血大虚，可根据具体情况选用十全大补汤、黄芪人参汤、托里清中汤、人参养荣汤、圣愈汤、托里温中汤、香砂六君子汤、补中益气汤、加减八味丸等。“盖托里则气血壮而脾胃盛，使脓秽自排，毒气自解，死肉自溃，新肉自生，饮食自进，疮口自敛。若不务补托，而误用寒凉，谓之真气虚而益虚，邪气实而益实。多至疮毒内陷，脓多臭秽。”(《外科正宗·痈疽治法总论第二》)
2．1．3补法多用于疮疡中后期，软慢不化脓，或不腐溃，伴有身凉自汗，手足并冷，六脉虚细，便泄，应温阳健脾；脓清或多，疮口散大肌肉不生，宜峻补；溃后食少，心烦不寐，发热口渴，宜补中益气；疮口腐肉虽脱，新肉生迟，如冻色者，当大温气血；脓水清稀，疮色淡白，面黄肌瘦，当香燥助脾；出血或脓多，五心烦热，燥甚不眠，应急补。
2．2外治方法
陈氏采用灸、外洗、切开排脓、手术扩创、清除腐肉，外用药物涂抹。痈疽初起，或七日之内未见脓者，宜先用灸法；并煎葱艾汤外洗，疏通气血，促进痈疽溃散。因为“元气未弱，不论阴阳、表里、寒热、虚实，俱先当灸，轻者使毒气随火而散；重者拔引郁毒，通彻内外。”脓溃或用药筒提拔之后，用浸有猪蹄汤的软绢插入脓管或疮内部，清洗疮面，用玉红膏搽涂，外用太乙膏覆盖。
痈疽十日疮坚不溃脓，或有脓，或脓少不宜出者用披针刺破，或配合药筒外吸，以开户逐贼；若半月后仍不化脓腐溃，急用披针刺成品字形，配合预先煮热药筒外吸，其拔出之物颜色可判断预后。
疮疡成脓排出不畅，则“以针钩向正面钩起顽肉，用刀剪当原顶剪开寸余，使脓管得通流，庶疮头无闭塞”。若瘀肉涂塞疮口，脓 管不通，“须用针钩钩起疮顶顽肉，以披针、利剪随便取去寸余顽硬之肉。”
2．3重视脾胃 治疗疮疡虽多用消肿排脓之法及刀针之术，但脾胃盛衰与其关系极为密切，脾胃为气血生化之源，正气旺盛，元气充沛，正能抗邪，生肌长肉，有利于促进创口愈合。所以陈氏说：“盖疮全赖脾土，调理必要端详。”又云：“脾胃者，脾为仓廪之官，胃为水谷之海。胃主司纳，脾主消导，一表一里，一纳一消，运行不息，生化无穷，至于周身气血，遍体脉络、四肢百骸、五脏六腑，皆藉此以生养。又谓得土者昌，失土者亡。盖脾胃盛者，则多食而易饥，其人多肥，气血亦壮；脾胃弱者，则少食而难化，其人多瘦，气血亦衰。所以命赖以活，病赖以安，况外科尤关紧要……此则不损其脾胃也。如不然，则精神气血由此而日亏，脏腑脉络由此而日损，肌肉形体由此而日削，所谓调理一失，百病生焉。故知脾胃不可不端详矣。”(《外科正宗·痈疽治法总论第二》)
3、疮疡预后和预防
3．1 根据气血盛衰判断预后疮疡初起顶高根活，色赤发热，掀肿疼痛，日渐高肿，皮薄光亮；或溃后脓厚稠黄，色鲜不臭，腐肉自脱，掀肿易消，新肉易生，疮口易敛；精神好，饮食可，二便调和，说明气血旺盛，属于阳证，预后较好。痈疽初起顶平根散，色暗微肿，不热不疼，身体倦怠；或痈疽肿坚色紫，不作脓，不腐溃，口干烦躁；或已溃皮烂，肉坚不腐，肿仍不消，痛仍不减，心烦；或溃后脓水清稀，腐肉虽脱，新肉不生，色败臭秽，身体倦怠，乃气血亏虚，正气不能抗邪，属于阴证，预后不良。所以，《外科正宗·痈疽治法总论第二》阐发说：“气血者，人之所原禀，老者尚或有余，少者亦有不足，人之命脉，全赖于此。况百病生焉?失此岂能无变，独疮科尤关系不浅。但肿疡时，若无正气冲托，则疮顶不能高肿，亦不能焮痛；溃脓则无真阴相滋，则疮根不能收束，色亦不能红活收敛。凡视疮之顶高根活，不论老少，定知气血有余，故知老幼俱可无妨。”
3．2根据形色判断预后 阴病见阳色，腮颧红献；阳病见阴色，指甲呈青；面如涂脂，色若土黄，油腻黑气涂抹；身热脉细，口唇青，目珠直视；形容憔悴，精神萎靡；喘粗气短，语言谵妄，或神昏，循衣摸床，遗尿失禁；汗出如珠；肉绽烂斑，麻木不知痛痒等，预后不良。
3．3预防措施少食膏粱醇酒厚味，节制情欲，房事有度；顺应四时气候变化，如夏热坐卧不可当风，忌置水于榻前床下，冬寒须避起居，常要温和。故陈氏主张“善养生者，节饮食，调寒暑，戒喜怒，省劳役，此则不损其脾胃也。如不然，则精神气血由此而日亏，脏腑脉络由此而日损，肌肉形体由此而日削，所谓调理一失，百病生焉。”
4、注意事项
4．1饮食禁忌陈氏主张不食牛肉、犬肉，瓜、果、梨、柿、菱、枣，鸡、鹅、羊肉、蚌、蛤、虾、蟹海，赤小豆、荞面，以及油腻、煎、炒、烹、炙、酸厚味等，防止损伤脾胃，影响痈疽康复。对于溃后，气血两虚，脾胃并弱者，禁食生冷硬物，用八仙糕(人参、山药、茯苓、芡实、莲子、糯米、粳米、白糖、蜂蜜)、参术膏(人参、白术、地黄)健脾益气，培助根本；脾胃俱虚，精神短少，自汗劳倦，食少乏味，胸膈不宽，用白术膏、人参膏。
4．2环境卫生疮疡患者所住房间要洒扫洁净，冬必温帏，夏宜凉帐，以防苍蝇、蜈蚣之属侵之。
4．3愈后禁忌疮疡愈后不宜劳役太早、入房太早。大疮须忌半年，小疮当禁百日。
5、医案举例
一妇人中年肥胖，生渴三载，右手食指麻痒月余，后节间生一小泡，随后本指渐肿，疼胀不堪，视之原泡处已生黑斑，半指已变紫黑，此亢阳之极，乃成脱疽。诊之脉洪大、数而有力，此与肥人相反，如再黑色上延，坏人迅速。询问此妇先居富室无嗣，每纵膏粱，架烘炉炭，又兼多服种子热药，中年丧夫，家业尽被嗣人侵费，致久怀忧郁，后与寡母同栖，身耽寂寞，此先富后贫，所愿不得，又为失荣症也。辞不可治。彼妇母子再三哀恳，予亦无之奈何，乃遵孙真人治法，在肉则割，在指则切，此外无他，彼愿从之。先用人参养荣汤，随用软绢条尺许缠裹黑色尽处好肉节上，以渐收紧扎之，庶不通行血络；次用利刀放准，依节切下，将手随浸甘草温汤中片时，其血不大多，其疼亦不大甚，患者日：惟心之俱不知而下以神力之佑也。予日：所嫌者切而不痛，此为气血筋骨俱死；此物虽脱，其症未可得愈。每以八味丸料加人参、麦冬大剂煎服，先救肾水，次扶脾胃，间用金液戊土丹以解药毒。后三日，所扎指上渐渐放松，以通血脉，搽贴红、黑二膏生肉止痛，次后手背手掌日渐发肿，势恶之甚，惟不黑色，此内毒已出之故，仍用神灯照法，兼以猪蹄汤淋洗。后又肿上皆出数头，流出脓血，不计其许，两月外方得原肿稍退，脓秽稍减。又以参术膏、人参养荣汤兼服，半年外方妥。此妇虽活，五指失矣。(《外科正宗·脱疽治验》)
一男子患痔六年，每遇酒色劳役，痔则发肿，坚硬疼苦，十余日方得稍可。彼欲断其根，以枯痔散上至七日外，其痔渐黑裂缝，至十六日痔枯脱落，孔若鸡心，以生肌散逐日用之，内补养血健脾药而愈。(《外科正宗·痔疮治验》)