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运气学说是以阴阳五行为核心、整体观念为基础建立起来的，以解释自然界天时气候变化，以及天时气候变化对宇宙万物及人类影响的理论方法。被运用到医学中来，是因为人们认识到人与自然界之间的关系非常密切，人的一切生活都必须与自然变化相适应，通过掌握天时气候的变化规律，研究六淫外感的致病因素，作为临床诊断和治疗的参考。以下逐一介绍其方法及对临床治法的影响。
五运，即木、火、土、金、水五运的统称。“运”是轮转运动、往来不息之意，以五行配天干来运用、分析和说明每年和各季节中气候变化的正常和异常。五运又分为大运、主运、客运。其中大运和主运说明的是一年及各季的正常变化；客运说明的是一年之中五个运季异常气候变化。大运又称“中运”，统主每年的岁运，其推算方法正如《素问•天元纪大论》所说：“甲己之岁，土运统之；乙庚之岁，金运统之；丙辛之岁，水运统之；丁壬之岁，木运统之；戊癸之岁，火运统之”。说明每年的年号，不论地支是什么，凡逢天于是甲和己的，该年大运则属土运，甲属阳，为太过年，己属阴，为不及年，太过之年，本气流行，不及之年，克己之气流行。主运是用以说明一年中五个运季气候变化的常规，从大寒日开始，七十三日零五刻为一运，按五行相生的次序推移，初运属木兰风，二运属火主暑热，三运属土主湿，四运属金主燥，终运属水主寒。各运季的时间每年固定不变，各运季中的气候变化，基本上年年相同，故称主运。客运是按大运僵年的年干推算的，即以大运的年干作为客运的初运，再菠五行相生的顺序推下去，如甲己年大运为土，则客运的初运为土，二运为金，三运为水，四运为木，终运为火。所以客运只管一年之内各个运季的气候异常变化，其太过不及，以及与气候变化的关系和大运规律相同。
六气，是风、热、火、湿、燥、寒的统称，分为主气、客气两种，常以三阴三阳来代表，结合地支，以说明一年中的正常气候变化和各年的气候异常变化。同时，客气加在主气上，称“客主加临”，用来进一步分析气候的复杂变化：主气的推算，从大寒日开始，四个节气转一步，按五行相生顺序推算：初气为厥阴风木，二气为少阴君火，三气为少阳相火，四气为太阴湿土，五气为阳明燥金，终之气为太阳寒水。因六气主时，固定不变，故称“主气”。客气的推算是以值年地支为基础，如《素问•天元纪大论》说：“子午之岁，上见少阴；丑未之岁，上见太阴；寅申之岁，上见少阳；卯酉之岁，上见阳明；辰戌之岁，上见太阳；巳亥之岁，上见厥阴”。这是说每年的地支凡逢子和午，不论天干是什么，客气都是属少阴司天，余类推。司天在泉，左右间气是客气变化上的另一名称，其推算根据每年的地支符号，按地支配三阴三阳的规律决定。推移是以阴阳气之多少为先后次序，即一阴厥阴，二阴少阴，三阴太阴，一阳少阳，二阳阳明，三阳太阳。因每年司天之气是固定在主气的三气之上，而在泉之气则固定在相对的终气之上，左右间气是司天在泉固定之后，按阴阳气之多少为先后次序排列。司天在泉各主一步，其余为四步间气。客气加在主气之上可看出客主加临，根据五行生克，客生主，客克主为顺，反之则逆；君位臣则顺，臣位君则逆，即客气为君火，加于主气相火之上为顺，反之则逆。此外还有同气，即主客气相同，如少阳相火加在少阳相火之上等，既无生克，又无君臣之异，性质相同，称为“同气”。顺则代表本步所主气候异常变化不大，逆则异常变化大，同气则气候异常特甚。
为了进一步说明气候的复杂变化，把干支结合起来，根据运和气的生克关系，来推算运气相邻的盛衰情况。气生运为顺化，气克运为天刑，运生气为小逆，运克气为不和，运气相同为天符。在推算一年气候的变化时，顺化和天刑年属气盛运衰，以六气为主。小逆和不和年属运盛气衰，以五运为主，逢天符属运气相同，两者结合运用。为了说明这些年份中气候变化强弱总的情况，根据运气结合的不同，分出天符、岁会、太乙天符、同天符、同岁会五种不同年份。天符年即大运与司天之气相同。岁会年即大运与年支的五行属性相同。太乙天符年是逢天符又为岁会。同天符是年干与年支均属阳，同时，大运又与在泉之气属性相同的年份。同岁会是年干年支均属阴，同时大运又与在泉之气属性相同。一般说来，天符年、同天符年气候变化速而强，岁会年、同岁会年气候变化缓而不烈，太乙天符年则气候变化最甚。小暑为三气，客气为阳明燥金即司天之气，主气为少阳相火，相火固能克制燥金，但时当盛夏，火热之气独旺．于阳热患者仍应注意泻火养阴诸法的运用。大暑至白露为四气，客气为太阳寒水，主气是太阴湿土，本年大运已为水气不足，又为主气之木克客气之水，水将益弱，下半年在泉之气又为君火，故阴虚阳亢者仍不适宜。秋分至立冬为五气，客气是厥阴风木，主气为阳明燥金，金克木，主胜客，燥金挟君火之气以行，本年秋季仍显燥热．呼吸系统疾病应注意清火润燥。小雪至小寒为终气，客气是少阴君火即在泉之气，主气为太阳寒水，水克火，主胜客，本年火热之气由此衰竭。总之本年之气候偏于燥热，掌握了运气变化的基本规律，在临床治疗中做到胜者抑之，衰者扶之，生者助之，克者平之，运用中医的整体观念，以达到更好的治疗效果。