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《神农本草经》是后世公认的现存最早药物学专著，是汉代以前人类与疾病作斗争过程中有关药物学知识的总结。是书分为总论和各论两部分，总论概括地记述了君臣佐使、七情和合、四气(性)五味等药物理论，以及药物的采收、炮制、贮藏和用药方法等。
各论部分介绍了每种药物的具体内容，全书收载药物365种，其中植物药252种，动物药67种，矿物药46种，并按药物的功效和主治，分为上、中、下三品。上品药120种，多属补养药，除矿物药外，毒性小或无毒，可以多服或久服。中品药120种，多为祛邪治病兼有补养作用，有的有毒，有的无毒。下品药125种，多属攻邪治病之药，毒性较大，适用于寒热、积聚、癥瘕等病证。
全书药物主治病证名约170余种，其中内科病证名如中风、痹、痿、水肿、疟、肠澼、下痢，各种血证等。外科病证如痈疽、鼠漏、恶疮、漆疮、痔等。妇科病证如崩中、漏下、乳难、月闭等。五官科病证如目赤肿痛、青盲、目翳、衄血、鼻息肉、耳中流脓、耳鸣、耳聋等。口腔咽喉病如喉痹、口疮等。寄生虫病如三虫、疥虫等。
南朝齐梁时代的陶弘景沿用《神农本草经》原有分总论、各论的体例，把总论部分增补并加以注释，为成《本草经集注》卷一序例。各论部分除了将《神农本草经》不同版本的药物种类确定为365味，从《名医别录》中也选用药物365味，合计730味，并按他自己的见解予以注解，这就是《本草经集注》后6卷的内容。730味药物按玉石、草木、虫兽、果、菜、米及有名无用分为七类，除后者外，前六类均尊古法分为上、中、下三品。可见药物的资料源是由古本《神农本草经》、《名医别录》及陶弘景的注释三部分构成。陶弘景为了让读者和后人能区分两个不同资料源的内容，特地采用朱、墨杂书的方法，以红字朱文书写《神农本草经》，以黑字墨文书写《名医别录》。这对保存、标记、识别《神农本草经》原来面目有着非常重要的价值，这也是唐代《新修本草》、宋代《证类本草》得以见到《神农本草经》内容真目并为之仿效(《证类本草》缘镂版印刷而变通为“白文”和“黑文”)。
唐初苏敬《新修本草》是由《本草经集注》和《药图》、《图经》三部分组成，《神农本草经》的内容是正文、是主体，《药图》是当时全国各地选送的药物标本绘画而成，《图经》是药图的文字说明，其主体内容沿用了陶弘景的体例和方法。在药物数量上增加了114种，由于将《神农本草经》中的数味药物(如“由拨”与“鸢尾”)进行了分条，所以其中所载药物为850种。在药物分类上，将原有的“草木”“虫兽”分解为“草、木、兽禽、虫鱼”而成为九类分法，极个别药物在原有类别中作了调整。《新修本草》对药物资料来源也仿照陶弘景的思路而采用大、小号字的办法予以标记。凡陶弘景注文用小字书写，而新增注文不但用小号字书写还冠以“谨案”予以区别。
北宋马志等人在《新修本草》的基础上，经过两次修订，著成《开宝重定本草》(即《开宝本草》)(公元974年)，沿用苏敬的9类分法，新增药物133种，载药为983味。《开宝本草》的正文用大字单行，注文小字双行。正文出于《神农本草经》者印成白文，出于《名医别录》印成黑文，出于《新修本草》则在文末加注“唐附”，出于《开宝本草》新增者于文尾加注“今附”。
《开宝本草》问世数十年后，掌禹锡等完成了《嘉祐补注神农本草经》，简称《嘉祐本草》(公元1057～1061年)。其分卷、药物分类、编写体例、文献出典等，完全依照《开宝本草》，共21卷，载药1082种。其中983种承袭《开宝本草》所载的全部药物及内容，新增99种，唯文献来源的标记方式略有区别。凡正文出于《神农本草经》者印成“白文”，出于《名医别录》者印成黑字，出于《新修本草》补充的内容用“唐本先附”标记，出于《开宝本草》者用“今附”标记，若为掌禹锡等人新增内容则用“新补”、“新定”标记。标记为“新补”者为择引的文献，标记为“新定”者是取于当时。以上方法均指“正文”。若是“注文”，皆沿袭《开宝本草》之旧，唯《嘉祐本草》新增者，冠以“臣掌禹锡等谨案”字样。
《嘉祐本草》新增的注文很多，内容也很丰富，引用的文献约50余种，相当广泛。与此同时，宋朝政府于公元1058年下令全国征集药物产地的实图，由苏颂等人整理，于1061年编辑成《本草图经》20卷，另有目录1卷。
《嘉祐本草》和《本草图经》问世后，由于分刊不便于检阅，由陈承将两部分合为一书，于1092年编成23卷的合刊本，名曰《重广补注神农本草并图经》。
蜀地世医唐慎微也将二者合而为一，增加的内容更多，举凡经、史、子、集中有关药物学知识，一概收入书中，定名为《经史证类备急本草》(公元1097～1100年)，载药1746种，析为32卷，在分类和文献来源及标记方面，悉依《嘉祐本草》之旧，唯唐氏所增补的资料，皆冠以黑色鱼尾括号。他将所增加的资料分为“药物”和“注文”两部分。“药物”新增628种，“注文”新增的更多，特别是方论和单验方，几乎全是新增内容，约有3000余首，征引经、史、子、集和方书近250家。《经史证类备急本草》除序例上、下两卷同于《嘉祐本草》外，主体内容由18卷扩充为29卷，使本草的研究在宋代达到了巅峰。后来虽在1108年稍作修定改为《大观经史证类备急本草》，1116年由曹孝忠校刊更名为《政和新修经史证类备用本草》，但其基本内容未作变更。南宋时期虽对《政和新修经史证类备用本草》数次翻刻、校刊，唯1249年张存惠的翻刻不但重新校刊，更将寇宗奭的《本草衍义》附入其中，书名也改为《重修政和经史证类备用本草》(简称《证类本草》)。
总之，从《神农本草经》至《证类本草》的发展历程是：《神农本草经》→《本草经集注》→《新修本草》→《开宝本草》→《嘉祐本草》→《证类本草》。
这些本草专著是一脉相承的。虽然在卷数、药物数量、注释及相关内容方面历代都有发展和增加，但在总的体例、分类、编排方式等，仍与《神农本草经》相同。可以说后世有关本草著作都是在其基础上发展起来的。“序文”发展为后世本草的“叙例”，三品药物发展成为后世本草的各类及分卷，药物条文保留在《证类本草》及各本草书中。今日所见《证类本草》的“白文”，既是《神农本草经》的古文献，也是陶弘景的“朱文”。