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在世界医学领域，人体解剖学的开创，意昧着西方近代医学的开端。16世纪欧洲科学和文化开始兴盛，西方近代医学第一次传人中国。但中国此时正处于明朝末年，战乱不断、瘟疫流行，西方医学在当时并没有产生多大影响。史料记载，明万历五年(1577)江西的永新、永宁、福安等地出现大范围的疟疾流行，造成永宁、福宁“死者无算”，永新“死者不可胜纪”的严重后果。
之后随着中西文化交流的发展，西方传教士开始来华借医传教。 德国传教士邓玉函著的《泰西人身说概》，是最早传人中国的人体解剖学专著。史载“他还于1621年在澳门解剖一日本传教神父尸体， 此为外人在远东最早病理解剖之一例”，但这在当时的中国依然未能引起 医家的注意。西方传教士于清初继续来华，仍然利用医药进行传教活动。
康熙三十二年(1693年)5月，康熙皇帝染上疟疾，久治不愈，当时所有的宫廷御医和民间中医都束手无策，康熙一怒之下曾斥责中医为“南方庸医”。 后来，康熙帝经外国传教士治疗得以康复，于是他开始热衷于西方医学。康熙对人体解剖颇有兴趣，他令传教士巴多明将—些相关论著译成满语，并亲自修改润色。他还令传教士从海外带来一套人体解剖模型，并将中医的针灸铜人与西方的解剖模型进行过比较。 他认为若不在中医知识中加 入解剖 学知识，中医学知识是不完整的。因此可以说，康熙帝是倡导中西医结合的第一人。
到了嘉庆年间，西方医学技术在中国得以广泛传播，嘉庆十年(1805年)，东印度公司的船医皮尔逊在他的《英吉利国新出种痘奇书》一书中介绍了“种牛痘”的具体操作方法，再加上中国本土有“种人痘”的治疗传统，牛痘技术在民间获得了迅速传播。此后，英国传教士在澳门开设眼科诊所，美国传教士医生伯驾在广州开设博济医院，治疗眼病和外科疾病，由于西医治疗效果显著，西医逐渐得到了人们的认同。