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(1)水、电解质及营养物质的补充
①急性期：应采用完全胃肠外营养疗法，以预防严重的营养缺乏和恶病质，减轻腹泻，抑制胃液分泌和肠管蠕动，促进伤口愈合，在小肠功能得到代偿以前使机体保持在较好的营养状态。补液量可参照粪量、尿量、胃肠造瘘及引流管的丢失量来估计，一般每天需补液5000 ～6000ml，并定时测量体重以及血清钾、钠、钙、镁、磷，以调整水、电解质的补给量；还要注意预防高血糖及高渗性脱水等并发症。
②经胃肠营养疗法：在术后1周左右，当剩余小肠功能出现功能代偿，腹泻有所缓解时，应尽早少量进食，以促进剩余肠段的适应能力，并预防胰腺和肠的萎缩。但胃肠外营养疗法仍应继续，并逐步减少补液量，增加进食量，直至患者能完全耐受口服营养，所需能量完全能经胃肠道得到满足时为止。一般来说，比较广泛的肠切除者，这一过程约需几周至几个月。食物应易消化，含高蛋白、高糖、低脂肪。但蛋白质应逐渐增量，开始每天7g，能耐受后改为15g、30g、40g等；由于持续脂肪泻，故除补充碳水化合物外，并采用中链甘油三酯来代替50%～75%的食物脂肪，口服困难者，可鼻饲营养要素混合流汁，但要避免配制太浓以防引起高渗性腹泻。
③维生素与电解质的补充：宜补充维生素A、B、C、D、K，并肌注维生素B12；适量补充钙、铁、镁等。但纠正低镁血症时，硫酸镁只能肌注，如口服硫酸镁反而加重腹泻。
④低草酸盐饮食：查出高草酸尿症者，宜采用低草酸食谱，限制进食水果和蔬菜量，服用胆酪胺和钙剂可减少饮食中草酸盐的吸收，预防泌尿系草酸盐结石的形成。
(2)药物治疗
①复方苯乙哌啶及洛哌丁胺等对本病有止泻作用，可选用。
②回肠切除90cm以内者，每天给胆酪胺8～12g，或氢氧化铝凝胶45～60ml，有助于控制由于胆盐吸收障碍所引起的腹泻。切除范围更广泛者，胆酪胺不仅无效，而且可因进一步减少病人的胆酸储备，而加重已有的脂肪泻。
③胃酸分泌亢进者，可采用甲氰咪胍、雷尼替丁等组织胺H2受体拮抗剂。
④残肠有细菌过度生长者，可选用氨苄青霉素、卡那霉素、新霉素等抗生素7～10天，以控制肠内细菌过度繁殖。
⑤口服胰脂酶及促胰泌素也是有益的。
(3)手术治疗：如经严格的内科治疗腹泻不能控制，营养恶化，威胁生命者，可考虑手术治疗，如循环肠袢成形术、逆蠕动肠管置入术等。近年来肠移植正在深入研究，如能成功，将对本病的预后有所改善。
(4)原发病的治疗：如克隆病患者，在部分小肠切除后，剩余的小肠炎症仍会引起吸收障碍，因此，给予SASP或肾上腺皮质激素治疗是必要的。