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(1)外感六淫之邪所致：如《河间六书》云：“盖以风、热、燥、火、湿邪所致，故令肛门肿满，结如梅核，甚至乃变而为瘘也。”《本草纲目》云：“漏属虚与湿热。”均明确认识到肛瘘与风、热、燥、火、湿邪侵袭人体有关。
(2)痔疮久而不愈：《诸病源候论》云：“痔久不瘥，变为瘘也”。
(3)饮食肥甘厚味，恣酒，忧思，便秘，房劳过度：《千金方》云：“肛门主肺，肺热应肛门，热则闭塞，大行不通，肿缩生疮”。《丹溪心法》曰：“人唯坐卧湿地，醉饱房劳，生冷停寒，酒面积热，以致荣血失道，渗入大肠，此肠内脏毒之所由作也。”而《外科正宗》云：“夫脏毒者，醇酒厚味，勤劳辛苦，蕴毒流注肛门结成肿块。”
(4)其他原因：《薛氏医案》云：“臀，膀胱经部分也。居小腹之后，此阴中之阴，其道远，其位僻，虽太阳多血，气运难及，血亦罕到，中年后尤虑此患。”据此，认为肛瘘与局部气血运行不足有关。
对于病变过程，《内经》认为是因：“营气不足，逆于肉理，乃生痈肿。”《千金翼方》则明确指出瘘是痈疽的后遗疾患，云：“一切痈疽，皆是疮瘘根本所患。痈之后脓汁不止，得冷即是鼠瘘”。