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下丘脑——垂体——甲状腺轴与下丘脑——垂体——卵巢轴二者之间各个水平互有联系和制约。例如甲状腺素直接影响雌激素的代谢，甲状腺素过多可加速雌酮转化为雌三醇。甲状腺素升 高，可促进黄体生成素(LH)的分泌。小量的甲状腺素可以刺激垂体促性腺激素的释放和卵巢的分泌，大量的甲状腺素将引起卵巢功能紊乱。
甲状腺功能异常有甲状腺机能亢进症(甲亢)及甲状腺机能减退症(甲低)二种疾病。甲亢患者初期，雌激素分泌过多，子宫内膜对雌激素的反应强，子宫内膜增生，表现为月经过多，过频，甚至发生功能失调性子宫出血，随着甲亢病程的发展，两个轴系都受到反馈抑制，卵巢激素的分泌和代谢受到阻滞，分解、灭活和清除过程加快，子宫内膜便逐渐退化，萎缩，引起月经稀发，经血量减少直到闭经。甲状腺机能亢进轻症可能不影响排卵，因而可能妊娠。重症者约90%无排卵，自然不能怀孕，一旦怀孕，流产率高达26%，早产率为15%。妊娠高血压综合征的发病率比正常妊娠组高10倍，可能诱发甲状腺危象，威胁病人生命。
重度或久治不愈的甲状腺机能亢进病人，不宜怀孕，一旦怀孕，应作人工流产术。甲亢病人如妊娠，应列为高危妊娠，于妊娠全过程中应在产科及内分泌科共同监护下度过孕产期。
无论甲亢或甲低，病情轻者均不影响怀孕，但其流产或死胎率较高，病情严重的男性患者可出现性欲减退，阳痿，精子数目减少及不育，女性患者甲低时多为月经过多、过频。如不治疗，也可导致不孕。