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(1)出血和血肿 是术后出现最早的并发症，大多发生在术后24小时内，左侧输精管多见，多因损伤血管后止血不彻底所致。
(2)感染 多因局部皮肤消毒不严，术前有湿疹、皮炎、附睾炎未治愈，术后伤口敷料脱落，污染伤口所致。
(3)痛性结节 在结扎后短期内，结扎部位可留下一个小结节，多无自觉症状，属正常组织反应，一般可逐渐变小或消失。若结扎1月后，结节不消失，持续疼痛，甚至放射到睾丸、下腹及腰部，并出现精索痉挛，结扎处有明显压痛，即可诊断为痛性结节。其原因有精液从结扎处漏出形成精子肉芽肿，结扎线过多、过密引起异物反应性肉芽肿，输精管残端感染，形成小脓肿，输精管分离不彻底，术后造成疤痕粘连等。
(4)附睾郁积症 若输精管阻断术后半年以上，附睾持续性肿胀、沉重不适或疼痛，并向腹股沟、下腹或腰部放射，性交时加重，附睾尾部均匀肿大，表面光滑质韧有压痛，则诊断为附睾郁积症。多因术中损伤附睾血供，影响附睾吸收功能，或输精管阻断后，进入附睾的血流增多，附睾吸收负荷增加等。
(5)性功能障碍 输精管阻断术仅仅是阻碍精子的排出，并不影响曲细精管内精子的生成，更不影响内分泌激素，不应该出现性功能障碍。但确有一小部分对象术后出现性功能改变，分析其原因多为精神因素，对手术顾虑，及家庭对手术的意见不统一。术前应仔细介绍性知识，剖析本手术不会影响性功能的原理，同时预防器质性并发症十分重要。