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许多学者主张，欲妊娠者最好选在肾移植后2～5年之间。因术后2年内急性排异并丧失移植肾的机会多，而术后5年，慢性排异逐渐明显增多，可伴有高血压。即使在此期间怀孕，也有42%在妊娠期第10周需终止妊娠，或自发流产，或治疗性流产。终止妊娠的原因可为肾功能不稳定或恶化，高血压，精神状态不佳或非计划受孕。另外，异位妊娠亦可发生，但发生率低。妊娠第30周移植肾的肾小球滤过率可暂时性下降，40%孕妇有蛋白尿，但分娩后多数会消失。妊娠高血压综合征的发生率为27%～30%，临床上有时很难同原发病复发相鉴别，需要做肾活检来判断。对孕妇的移植肾做穿刺活检并非禁忌。
妊娠期急性排异的发生率约9%，与非妊娠者无差异。但若发生排异反应可使移植肾功能恶化，需要终止妊娠。若孕妇的肝肾功能良好且无其他问题存在，免疫抑制剂无需减量。若第10周以后无重要并发症，大部分可顺利分娩。尽管移植肾位于髂窝，但通常不影响正常的产道。动物实验证实环孢素A和硫唑嘌呤对动物胎儿有毒性作用，但对人胎儿的影响未被证实。不宜母乳哺育，因乳汁中可能有环孢素 A 、硫唑嘌呤和激素。
需要避孕者可用低剂量的雌激素——黄体酮口服避孕，但可致高血压和血栓栓塞。宫内避孕器不宜用，因易引起感染。最好配偶使用避孕套。