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(1)膀胱输尿管逆流(VUR)存在时应给予治疗，因为VUR时的菌尿多数为肾盂肾炎，此时极易产生肾实质损害和疤痕，即所谓逆流性肾病。VUR儿童如严格控制感染，据10年观察，很少发现肾内疤痕及进行性肾损害。现已公认，防止逆流性肾病最有效的方案是制止逆流和控制感染。由于VUR随年龄的增长而逐渐减轻或消失，所以，多主张严格控制感染，手术治疗应加以限制。目前，对VURⅢ级及Ⅳ级的治疗有争议，但原则上是一致的，即轻度VUR最好用抗菌的方法，重度VUR最好采取手术治疗。抗菌药物采用常规剂量7～14日，菌尿消失后，用小剂量长期治疗，使尿液保持无菌，直至VUR自行消失或明显减轻。
(2)孕妇无症状性菌尿的发病率为3%～7%，如果不治疗，25%～40%可发展成症状性尿路感染( 常在第18～30周发生)，早产儿和体重不足婴儿较无细菌尿的孕妇多见，其中20%～40%可并发败血症。因此，对有无症状性菌尿孕妇应立即治疗。
(3)伴有结石或梗阻的无症状性菌尿也应立即治疗，并去除结石或梗阻。大多数变形杆菌、部分葡萄球菌和粪链球菌的尿路感染常并发结石，这些细菌含有尿素分解酶，可使尿中的尿素分解，释放出氨，使pH值增高，结果使钙-铵-镁-磷酸盐沉淀，导致尿结石生成。结石形成后治疗就更困难，感染复发率高。目前，尿素酶抑制剂，如乙酰氧肟酸已试用于临床，以防结石形成。
无症状型菌尿约半数为膀胱炎，半数为肾盂肾炎，由于无症状，易被病人和医生忽视。一般主张使用抗菌药物单次大剂量治疗，如复方新诺明2.5g，或呋喃口旦啶0.2g，或羟氨苄青霉素3g，一次顿服。以后复查中段尿细菌定量培养，如仍为真性菌尿，应作感染部位定位诊断(单次大剂量治疗无效者多数为肾盂肾炎)，上尿路感染应采用小剂量长疗程治法。