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治疗的目的不应只停留在症状的缓解，必须做到消灭病菌，并预防复发。
尿路感染的治疗，应遵循以下原则：
(1)纠正诱因，特别是对于反复感染的患者，首要的就是寻找并去除导致发病的易感因素，尤其是解除尿流不畅，尿路梗阻，纠正肾和尿路畸形，只有找出并除去了存在的易感因素后，才能彻底有效治疗而不复发。
(2)采用合理的抗菌药物消灭致病菌，这也是治疗尿路感染关键的一环。对急性起病者，抗菌药物治疗最为重要，一旦处理不当，不仅疗效不佳，且引起肾功能受损而影响预后。近40 年来，对尿路感染的认识不断提高，新的高效抗菌素不断问世，耐药菌株也不断增多。因此，为确保临床疗效，一定要针对病菌、病变部位进行有的放矢的治疗，避免滥用抗生素，特别是使用肾毒性药物时尤要慎重，要结合病人体质通盘考虑。
(3)辅以全身支持疗法。尿路感染尤其是复发者，常与机体免疫功能低下有关。因此，在调整药物，采用合理抗菌素的同时，需加强机体的免疫功能；必要时，要用中药调整体质，增强药物疗效。体质极弱的慢性患者，要小量多次输血来改善身体状态。