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(1)输尿管导管法 此法为Stamey等于1965年首创，用以区别上尿路感染和下尿路感染。由膀胱镜内分别向两侧输尿管插管，取出尿标本送检，作细菌培养和常规检查，以确定有无上尿路感染，属一侧性还是两侧性感染。此法准确性高(100%)，但属有创伤性检查方法，给病人带来一定痛苦，且操作麻烦，故不作常规使用。
(2)膀胱冲洗尿培养法 此法是1967年Fairley等首先提出。排尿后，用三腔导管插入膀胱，向膀胱注入无菌生理盐水(内含庆大霉素4万u，链激酶12.5万u)保留30～45分钟后排空膀胱尿，再用无菌生理盐水2000mL反复冲洗膀胱，最后一次冲洗液留取数毫升作为标本①，以后每隔10分钟留尿一次，共4次，作为标本②、③、④、⑤。每份标本作细菌培养和菌落计数。如为下尿路感染，则培养无菌生长。如为上尿路感染，则尿菌阳性。据统计，确诊为肾盂肾炎者，此试验符合率为84.8%，膀胱炎符合率为66.6%。此法简便易行，创伤小，病人易接受，临床更为常用。对神经源性膀胱炎患者的尿路感染定位也是有用的。其缺点是耗时间，不能分辨是何侧肾感染。肾脏排菌为间歇性时会存在假阴性。另外，Hulter等报道，对保留导尿管后的尿路感染病人，本试验难以作出定位诊断。因为导尿管加重了膀胱粘膜水肿、出血坏死，加重了感染，细菌在膀胱粘膜里很难被清除。
(3)肾活体组织检查 根据组织学和细菌学检查确定有无上尿路感染。然而，由于肾盂肾炎的病变是呈灶性分布的，而穿刺采出的肾组织仅占肾脏的1/10000，穿刺出来的肾组织不一定是病灶，故肾活体组织检查的结果可以正常；如果刚好穿刺中病变组织，则检查结果为慢性间质性肾炎，并不能肯定是否因细菌感染所致，除非肾活检组织培养有致病菌，否则不能确诊。所以，用肾活检诊断上尿路感染很不可靠。