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1546年,意大利内科医生弗拉卡斯托罗提出，疾病可以通过健康人直接与患者接触传播，也可以通过健康人间接地与受到感染的物品接触传播，甚至隔一段距离也能传播。他最早提出“隔离”的概念。
1677年；荷兰位显微镜专家列文虎克把一滴阴沟污水放在他的一块小透镜下焦点的位置，看到了一些肉眼无法看见的活的微小生物；1683年，列文虎克又发现了一些比原生动物 还要微小的结构。那些结构在他的质量最好的透镜下也只是刚好能被看见。从他当时描画的他所看到的结构的草图来看，他显然是发现了细菌。
1786年，丹麦生物学家奥托·弗里德里希·米勒的一本关于细菌的书，那是他死后两年出版，他对细菌作了比较详细的描述，是最早描述细菌的科学家。事后看来，当时的科学家本应该就已经认识到细菌就是弗拉卡斯托罗所说的传染疾病的媒介，然而并没有这方面的迹象。甚至米勒的观察结果也没有触及要害。当时并没有普遍承认细菌的存在；即使承认存在着细菌，也不认为它们是活的生物。
1798年，英国内科医生琴纳发现，接种过一种较轻疾病牛痘的人不仅不会再患牛痘，而且也获得了对另一种传染性极强的可怕的有关疾病天花的免疫力。采用这种“接种”技术以后，天花就基本上不再流行。此外，人们还发现了诸如黄热病和疟疾这些疾病是由蚊虫传播的，斑疹伤害是由虱子传播的，狂犬病是由疯狗传播的，腺鼠疫是由跳蚤传播的，等等。消灭这些携带病原的小动物，都能够有效地减少相应的疾病的发病率。作出这些发现的人有美国的里德和里基茨，以及法国的尼科勒等。
从1867年开始，“消毒外科手术”就很快得到了普及。病原说还促使人们采取了一些切实可行的防病措施。例如，要勤洗手脸和洗澡，认真处理垃圾，注意饮食卫生，等等。在这方面倡导最为得力的，有德国科学家佩滕科费尔和菲尔绍。怪的是，要不是别人也极力倡导的话，是没有人会听他们的话的。
1880年代，德国植物学家科恩借助英国光学仪器专家约瑟夫·杰克逊·李斯特研制的一种消色差显微镜，非常清楚地看到了细菌，并对它们首次作出了十分令人信服的描述。科恩建立了细菌学的基础。自那以后，人们才开始普遍相信细菌的存在。
1910年，德国细菌学家埃尔利希发现了一种砷化合物，能够杀死引起梅毒的细菌。他是最早用特选的药品去杀死某一种细菌而不会危害体内存在着那种细菌的患者的人。
1921年，预防结核病的卡介苗脱颖而出。
1928年，世界上第一种抗生素青霉素应用于治疗；同年，一种治疗百日咳的疫苗诞生。
1932年德国化学家吉哈德·多玛克，发明了基于硫元素的化合物，能杀灭引起血中毒的致命链球菌。它对老鼠有效，也挽救了他即将死于败血症的女儿。链霉素的发明者塞尔曼·瓦克斯曼获得了诺贝尔奖。
1935年，德国的生物化学家多马克首先发现磺胺药物的抗菌作用。
1937年，哈佛的微生物学家马克斯·泰勒，培育出了病毒的一种突变体，它只对人类产生温和的症状。在被作为疫苗施用时，可以起到到对黄热病的免疫作用。
1939年，法国出生的美国微生物学家迪博首先发现抗菌素的抗菌作用。
1944年，美国人发明了链霉素。
1955年，美国微生物学家索尔克制成了小儿麻痹症疫苗，从而战胜了脊髓灰质炎。
1983年美国遗传基因学家巴巴拉·麦克斯托克因发现玉米染色体中的基因能够移动而获诺贝尔医学奖。这一点对于细茵发展抗药性极为关键。