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小建中汤和小柴胡汤都出自《伤寒论》，小建中汤在《伤寒论》中主要用于“腹中急痛”和“伤寒二三日，心中悸而烦者”的治疗，小柴胡汤则应用于“往来寒热，胸胁苦满，默默不欲饮食，心烦喜呕”及其他许多病证的治疗。
小建中汤证与小柴胡汤证有密切关系，主要体现在以下几个方面：
l《伤寒论》原文
在《伤寒论·辨太阳病脉症并治》中有“伤寒，阳脉涩，阴脉弦，法当腹中急痛，先与小建中汤，不差者；小柴胡汤主之”；在小柴胡汤的方后注中有：“若腹中痛去黄芩，加芍药四两……”的记载。前者先以小建中汤治疗，不差者又以小柴胡汤治疗。后者则是当小柴胡汤证出现腹中痛时，去黄芩加芍药，说明小柴胡汤证本身可以治疗腹痛，而且这一加减是作为小柴胡汤的或然证出现的，可以看作是小柴胡汤证与小建中汤证之间的过渡形式。
2二方的构成
小建中汤是桂枝汤倍芍药加饴糖构成的。桂枝汤在《辅行诀脏腑用药法要》中名为小阳旦汤(用量亦完全相同)，小阳旦汤加饴糖一升为正阳旦汤，正阳旦汤芍药加倍，再加黄芪五两、人参三两，为大阳旦汤。这一构成与《金匮要略》中的黄芪建中汤极相似，可以看作是小建中汤的加减。
与小阳旦汤同书所载之小阴旦汤由“黄芩三两，芍药三两，生姜二两，甘草二两，大枣十二枚”组成，实际上已具小柴胡汤的雏形。由小阴旦汤加味而成之大阴旦汤，其组成为“柴胡八两，人参三两，黄芩生姜各三两，甘草炙二两，芍药四两，大枣十二枚，半夏一升，洗”，可以看出，大阴旦汤与小柴胡汤是非常相似的，所以大阴旦汤完全可以看作是小柴胡汤的加减。
追根溯源，小建中汤来源于小阳旦汤，小柴胡汤来源于小阴旦汤，两者皆从最初的芍药甘草生姜大枣四味药发展而来，两者发展下去，小建中汤衍生出大阳旦汤，而小柴胡汤衍变为大阴旦汤。
3后世临床应用
后世两方合用，在临床上对所适合病证取得了良好的疗效。如《经方实验录》记载一月经不调患者，曹颖甫认为是肝胆乘脾脏之虚，用小建中汤加柴芩治愈，并在解释其应用时说道：“不待其不差，先其时加柴芩以治之。”在现代医家中也有两方应用的案例可资佐证。如肖子精曾有一个病案，患者产后经一系列治疗后仍有脘腹疼痛阵作，痛处喜按，痛时汗出，面色不华，不思饮食，伴发热，呕恶，胸悸脘闷，舌质淡红，苔薄。脉近浮涩沉弦。先予6剂小建中汤，未见获效，后予小柴胡汤加芍药3剂治愈(未去黄芩)。又如张子萍报道，一小女孩因受责骂后，郁郁寡欢，心烦胸闷，不时叹息，食欲不振，继之，突然呕吐，少则每日5～6次，严重时日10余次，势猛量大，不能进食，食人即吐，予西药抗生素、爱茂尔、654—2及输液等无明显效果。患儿平素性格内向，沉默寡言，且素体虚弱，形寒畏冷，面色苍白，神疲乏力。诊为中焦虚寒，肝木侮土，予本方加柴胡、黄芩、半夏、党参(即合小柴胡汤)，3剂呕吐止，腹痛、精神紧张消失，心胸畅快。
综上可以看出，无论从《伤寒论》的记载，还是从两方的源流以及后世的临床应用来看，小建中汤和小柴胡汤皆有密切的关系。
两者有密切的关系，其内在病机可以从以下几点来考虑：
从六经辨证来看，小柴胡汤是治疗少阳的主方，在人体部位上主治在胁；小建中汤是治疗太阴的主方，在人体部位上主治在腹，两方主治正是从阳人阴的关键之处，“伤寒三日，三阳为尽，三阴当受邪，其人反能食而不呕，此为三阴不受邪也。”反之，若不能食而呕则是有入三阴之趋势，而三阴之首即是太阴，所以太阴提纲证提到“腹满而吐食不下”正是承接少阳而来，这足以说明两者密切的生理病理联系。我们再分析两方合用的情况，本条腹中痛已有入太阴之趋势，是里气已虚，故先予小建中汤，若得内气充实或可自解，若不解再以小柴胡汤扶正达邪，从外而解，此寓有“攘外必先安内”之意。正如清代吕震名在《伤寒寻源三集》中所说：“盖阳脉涩，则中土已虚，阴脉弦，则木来贼土之象，腹中急痛是脾阳下陷，此时若用小柴胡汤制木，其如中土先已虚馁何?夫中土虚馁，非甘不补，土受木克非酸不安，必先以小建中汤扶植中土，土气既实，若不瘥，再以小柴胡疏土中之木，用药自有先后，非先以小建中汤姑为尝试也。”
从脏腑辨证来看，小柴胡汤主治肝胆，小建中汤主治脾胃，肝胆属木，脾胃属土，五行之中木克土，《金匮要略》亦认为“见肝之病，知肝传脾，当先实脾”，说明两者在生理病理上密切相关。“脾胃为一身气机的枢纽，二者皆居中央而属土，脾以阴土而升于阳，胃以阳土而降于阴。土位于中而火上水下，左木右金，左主乎升，右主乎降，而升降之权，又在中气，升则赖脾之左旋，降则赖胃之右转也。中气旺则脾升而胃降，木火金水亦得以轮转；中气衰则脾郁而胃逆，则木火金水皆失其运行矣”。两方合用，以小建中汤培补中焦，以复脾胃枢纽之职，以小柴胡汤调和肝脾，使气机从左旋而升，则水升火降，坎离交媾，使人体恢复到阴平阳秘的正常状态。后世医家以此理论，创制了许多疗效卓著的方剂。如《太平惠民和剂局方》所载之逍遥散，其主治即是肝郁脾虚；又如李东垣所创制的著名方剂补中益气汤，融补脾与疏肝于一方，且主次分明，方中以补脾之药为主，稍佐柴胡等疏肝理气之品，以复人体升降出入之常，在临床上有广泛的应用。而小建中汤与小柴胡汤可以看作是分别侧重于治疗脾胃和治疗肝胆的主治方。
从性质来看，两方同中有异，小建中汤是补虚和阴阳，而小柴胡汤是和解少阳，且两方在临床上也广泛应用于其他阴阳不相协调的病证，所以二者皆属广义的和剂范畴，不同在于：在治疗外感病时，小建中汤是“安内以攘外?，而小柴胡汤是“安内兼攘外”；在治疗内伤病时，小建中汤是专主中焦，以滋化源，而小柴胡汤则是扶土抑木，于补脾之中尚兼疏肝，这即是两方的差别所在。临床当以病情，或单用，或合用，全在医者之灵活。