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肾气丸方出《金匮要略·血痹虚劳病脉证并治第六》，后世医家称之为补肾之祖方，并在此基础上加减衍变出补阴与补阳的许多方剂。肾气丸在《金匮要略》中记载凡五处。在此五处中，肾气丸处方出现两次，一见于《中风历节病篇》；一见于《妇人杂病篇》。均由干地黄八两，山茱萸、薯蓣各四两，泽泻、茯苓、牡丹皮各三两，桂枝、炮附子各一两组成，其处方用药是一致的。然而对于方中桂枝一药，医家多有不同观点：柴中元等认为方中桂枝即现在的桂枝，而彭怀仁等医家则主张为现今之肉桂。笔者试从以下几个方面进行分析考证，认为应为现今之肉桂。从本草文献的记载推断张仲景《伤寒杂病论》的成书约在东汉末年。在药物学著作方面，《神农本草经》(以下简称《本经》)的定稿年代不晚于春秋战国。仲景时值东汉，在药物的选用上。自然受该书药物学成就的影响。据学者统计，《伤寒杂病论》共用《本经》所载药物1 36种，占该书药物使用总数的80％以上。其中使用桂枝的方剂有70首之多。但是查阅本草文献，桂枝在《本经》以至唐以前本草著作中却查无此名，《本经》里面只有牡桂及菌桂的记载，“牡桂，味辛，温，主上气咳逆，结气，喉痹吐吸。利关节，补中益气。……生山谷。《名医》日：生南海。案：《说文》云：桂，江南木，百药之长，桂也。《南山经》云：招摇之山多桂；郭璞云：桂，叶似枇杷，长二尺余，广数寸，味辛，白花，丛生山峰，冬夏常青，间无杂木。《尔雅》云：棂，木桂。郭璞云：今之呼桂皮厚者，为木桂。及单名桂者是也。一名肉桂，一名桂枝，一名桂心。……菌桂，味辛，温。主百病，养精神，和颜色，为诸药先聘通使。久服，轻身、不老，面生光华，媚好常如童子。生山谷。《名医》日：生交址桂林岩崖问，无骨，正圆如竹，立秋采。案：《楚词》云：杂申椒与菌桂兮；……”而查阅较早的文献如《五十二病方》及《黄帝内经》，亦无桂枝的记载，只有桂的名称。《五十二病方》记载：“睢(疽)病：治白莶(蔹)、黄蓍(芪)、芍乐(药)、桂、量(姜)、椒、朱(茱)臾(萸)，凡七物。……”在《黄帝内经》中有两首方剂含桂，即“寒痹熨法”中“用醇酒二十升，蜀椒一升，干姜一斤，桂心一斤，凡四种，皆(口父)咀，渍酒中。……”(《灵枢·寿夭刚柔第六》)和“马膏膏法”中“治之以马膏，膏其急者；以白酒和桂以涂其缓者……”(《灵枢·经筋第十三》。
在这些经典著作中少有桂枝记载，而仲景却已熟练运用，这种方剂用药与本草记载相脱离的情况是不合常理的。众所周知，方剂与本草记载的药物之间存在着一定的源流发展关系，方剂是在由单味药到多味药的反复运用中形成的。方剂的药物组成一般不会选择同时期没有使用过的药物。从《伤寒论》与《金匮要略》对桂枝一药的使用频率可以看出，张仲景已经对该药物熟练运用。因此我们可以推断，张仲景绝不可能在前人或同时代人对桂枝一药毫无认识的情况下，即能对此频繁而熟练的运用。
2从本草记述药用部位考证
现代中药学中的桂枝与肉桂，均取材于樟科植物肉桂(Cinnamomum cassia Presl)，桂枝为当年生细小嫩枝，肉桂为树干或多年生粗枝之皮，其药用部位明显有所不同。而在查阅本草文献记载后，考证“牡桂”、“菌桂”或“桂”的药用部位为辨别关键。
2．1牡桂《本经》未描述其药物形态与药用部位，但是在条文后附有东晋郭璞注：“今之呼桂皮厚者，为木桂及一单名桂者是也。一名肉桂，一名桂枝，一名桂心。”从这句记载可以看出，当时学者认为“牡桂”即为肉桂树之皮，并有肉桂、桂枝、桂心等异名。
2．2菌桂《本经》亦未详细描述其药物形态及药用部位，后人在辑述时引用《别录》的记载，于菌桂条下注云：“无骨，正圆如竹，立秋采。”所谓“无骨”，即是指桂树之皮，“正圆如竹”，是描述桂皮晒干之后的形状，卷如竹筒。
2．3桂《本经》里无此药的条文记载，在《别录》里查阅到对此的描述。在“桂”条下注云：“十月采皮，阴干。”亦明确说明其药用部位为此树的树皮。另外，《本草纲目》中亦记载“桂，此即肉桂也”。
综合上述几种文献的记载，我们可以得出结论，其药用部位皆为树干或粗枝的干燥树皮。
3从古籍文字的辨别
《内经》、《本经》、《伤寒杂病论》等经典著作至今已有数千年的历史，在历史发展过程中经历过多次散佚与辑佚、传抄与注释等，在这些辑佚与传抄过程中，难免会有笔误的产生。另外，由于中国历史及汉字文化的特殊性，在汉字的使用过程中存在着避讳、通假等现象。因此，从古籍用字方面做一些考证也有助于对药物做出辨别。
首先，从桂枝与桂皮人手考证，有人研究马王堆医书，发现长枝作“长支”，《素问》、《灵枢》中，四肢作“四支”，《伤寒论》中芍药作“夕药”，茯苓作“伏苓”。《千金翼方》卷19有大桂皮汤。也有将鼓、鼓二字混同使用的例子。而“皮”和“支”的字形近似，因此可以推断“桂皮”讹为“桂支”，并进一步与“桂枝”混同了。
另外，关于菌桂、箘桂、筒桂的推断。菌桂在《本经》里面没有药物形态的描述，《名医别录》中有“无骨，正圆如竹”的记载；同时，日本学者真柳诚研究发现，仁合寺本《新修本草》所记不是菌桂，而是箘桂。《本草纲目》中亦有筒桂的记载。 《别录》中的记载是指其形状卷曲，如同竹筒；而《纲目》的筒桂也是从形状而言，此外，“箘”亦有竹的意思，因此可以推断箘、菌为误。
从上面的分析可以看出，不论名称如何，其药用部位均为树皮。
4从方剂的组方及功效推理
肾气丸在《金匮要略》中记载有五处：①《中风历节病篇》“崔氏八味丸：治脚气上入，少腹不仁。”②《血痹虚劳病篇》：“虚劳腰痛，少腹拘急，小便不利者，八味肾气丸主之。”③《痰饮咳嗽病篇》：“夫短气，有微饮，当从小便去之，苓桂术甘汤主之；肾气丸亦主之。”④《消渴小便不利淋病篇》：“男子消渴，小便反多，以饮一斗，小便一斗，肾气丸主之。”⑤《妇人杂病篇》：“问日：妇人病，饮食如故，烦热不得卧，而反倚息者，何也?师日：此名转胞，不得溺也。以胞系了戾，故致此病，但利小便则愈，宜肾气丸主之。”从这五处可以看出，虽然病名不同，但症状有相同之处，即小便不利；病机皆为肾气不足，因此治疗上就要补益肾气。
肾气是由肾精生化而来。从本方药物组成上可以看出，滋肾填精药与温补肾阳药并用，即为补精化气。使得肾精足，肾气充。因此，其药物配伍以现代的肉桂更为合理，更加切合病机。
通过以上几点分析，可以推测张仲景方中所用“桂枝”，为樟科植物肉桂(Cinnamomum cassia Presl)的树干及粗枝之皮，即今所用之肉桂。且有“牡桂”、“菌棒”、“桂心”及“桂”等异名。