在美国总统任命的众多政治官员中，美国国立卫生研究院（NIH）院长或许是最缺乏政治色彩的一个。
这位院长的工作非但不是推动政府部门的优先事项，相反，不让总统和美国国会插手该机构成为其主要职责。
2008财政年度，NIH在基础和应用医学研究上投入的资金不到295亿美元。其中80%以上的资金分5万次资助给美国的325,000名科研人员和海外一些科学家；大约10%的资金用来支持6000名资深科学家开展的研究工作。
在过去10年里，NIH的预算开支史无前例地增长了一倍。不过，预算开支增长主要发生在前五年：从1998年的130亿美元增加到了2003年的270亿美元；而在2003年之后的5年里，预算仅有略微的增加，如果将通货膨胀因素考虑在内，预算甚至还减少了。
科学？政治？
“恢复NIH预算开支增长是当务之急。”不管是NIH内部还是外部人士，在被问到NIH新院长面临的诸多问题时，几乎每个人都会这么说。
Elias Zerhouni在NIH院长岗位上工作了6年，2008年10月，他辞去了这一职务。他说：“我们身处一个知识型的社会，而不是一个制造型的社会，NIH为保持经济的持续增长提供了巨大的机会，希望美国新政府能够关注到这一点。”
美国当选总统巴拉克·奥巴马在竞选期间发表的一份声明中曾经承诺，今后10年里，要让美国重点科研机构的研究预算翻一番，这其中就提到了NIH。考虑到美国目前的经济困境，那一承诺是否仍然将按计划实施尚不得而知。
从1972年开始，NIH院长一职由美国总统任命。在这之后的几年里，两任院长分别被尼克松和福特政府赶下台，因为他们反对政府削减NIH的预算。NIH已经退休的历史学家Victoria Harden回忆说，当时NIH普遍反对政府的这一行动。
为了平息民愤，福特总统任命杰出科学家Donald Fredrickson出任NIH院长。Fredrickson没有辜负人们对他的期望，稳定了NIH局势，坚定地“忠诚于高质量的研究计划，而不是哪个党派或政府”的职责。然而，尽管这样，NIH院长一职仍然是个政治任命。
放开？限制？
新任NIH院长将面临许多与上任类似的问题，这些问题事实上已经以不同的方式影响到布什总统任期内NIH的各项活动。
一旦奥巴马政府废除布什任内对胚胎干细胞研究的联邦资金拨款限制，要求为这一领域提供更多资金的呼声或将像潮水般涌来。NIH下设27个研究所和研究中心，它们几乎都能够独立地获得美国国会的拨款，NIH院长只掌控其中很小部分但有所增长的预算。2008年，这一比例大约为1.8%。
NIH面临的压力还有，围绕利益冲突问题，对那些从NIH获得资助的大学和医学院里的科研人员加强
管理。而2005年8月开始生效的严格管理规定，对NIH领导人及其家属成员投资生物医学公司的行为做出了限制，并严格禁止NIH的资深科学家们向私营公司提供咨询服务。虽然这种限制性规定不可能约束外部研究人员，但几乎可以肯定，所有研究人员在利益冲突问题上都会被要求做出更加详细的披露。
过度安全？高风险？
美国生物医学科学正面临人口危机，这一危机将是NIH新任院长需要解决的更为重要的问题之一。目前，得到NIH资助的科研人员的平均年龄已经从1980年时的39岁上升到了2006年的51岁。而首次获得NIH资助的科学家的平均年龄目前是42岁，比1980年时的37岁有所上升。一些观察人士还认为，研究组合中充满了过于安全的研究项目。
解决这些问题曾经是Zerhouni的优先任务之一。他利用自己所掌控的一些资金设立了“先锋”奖项，授予那些研究风险极高但却有希望的科学家们。他还设立了“新颖创新者”奖，授予那些尚未得到NIH资助的科研人员；“独立路径奖”则授予博士后研究员。
在竞选立场声明中，奥巴马表示，他的政府将会特别强调为那些刚刚开始职业生涯的年轻科研人员提供支持，并支持开展高风险、高回报的研究。
2006年通过的NIH改革法案让NIH院长有权力为某些研究项目提供资金，这些项目跨越研究机构的传统界限，研究包括：确定关键蛋白质（结构生物学）的三维形状，确定人体内的
微生物基因组（微生物组），以及将纳米技术应用于诊断和治疗（纳米药物）。
由此，NIH新院长或许不得不与国会的一些控制研究资金的原则背道而驰。目前国会限制某些领域里的研究或将资金限定用于某些特定疾病（比如孤独症）。2004年，Zerhouni公开为几项针对人类性行为的研究进行了辩护，因为在此之前，美国众议院曾经考虑不为这些研究项目提供资金。Zerhouni曾警告国会说，一些人为障碍需要被拆除而不是重建，如果再将资金强制用于某些特定疾病则意味着在老路上继续倒退，这将是一个严重的错误。
与此同时，一些特定的研究群体可能还会提出其他的要求，例如为
艾滋病疫苗研究提供更多的猴子。在几项人体试验失败之后，这一领域的研究正在重返实验室。
非主流的重要领域
美国新政府面临的主要问题还有，在大量成本效益、比较效益、质量改进和病人安全的研究中，NIH到底将发挥什么作用？许多医疗保健政策专家表示，要充分获取医学研究产品的价值，就必须开展这些研究工作。
NIH各大研究所所长和研究小组决定哪些研究项目可以获得资金。传统上，他们赞成开展旨在发现新的分子化合物、新的作用路径和原理的实验室研究项目。大规模、长期和费用昂贵的
临床研究项目通常并不被认为是NIH的工作任务，然而这些项目回答的是一些重要问题。一个较好的例子就是“妇女健康倡议”，该项目对激素补充剂和饮食用来预防疾病的效果进行试验。
但专家们表示，如果奥巴马政府严肃认真地考虑医疗保健改革，这类研究项目有许多都是必须完成的。
据观察人士表示，目前针对NIH院长一职并没有处于领先地位的人选。有人曾经就此询问过奥巴马过渡时期的团队成员，但没能获得相应的答复。
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