国家自然科学基金委员会日前在其官方网站公布了“十一五”期间第三批12个重大项目指南。
申请注意事项：
1．“十一五”期间重大项目只受理整体申请，要分别撰写项目申请书和课题申请书，不受理针对某个项目指南的部分研究内容或一个课题的申请。每个项目课题设置不超过5个，每个课题一般由1个单位承担，最多不超过2个，项目承担单位数不多于5个；项目主持人必须是其中1个课题的负责人；资助强度1000万元，研究期限为4年。
2．申请人应当认真阅读《关于发布“十一五”第三批国家自然科学基金重大项目指南及申请注意事项的通告》和项目指南，不符合通告和项目指南的申请将不予受理。
3．重大项目（包括课题）申请人除具备《国家自然科学基金条例》中所规定的依托单位科学技术人员申请国家自然科学基金资助的基本条件外，还必须具有高级专业技术职务（职称）。
4．限项规定：重大项目与其他相关类型项目共同限项申请。重大项目申请人（包括具有高级专业技术职务的项目组主要参与者）申请和承担面上项目、重点项目、重大项目、重大研究计划项目、联合基金项目以及按照面上项目、重点项目
管理的专项项目的总数不能超过3项，并且申请和承担重点和重大项目的项数合计限为1项。
5．申请书采用2009年版，需在自然科学基金委网站下载中心下载。
申请书的正文应当按照重大项目正文撰写提纲撰写。如果申请人已经承担与本重大项目相关的重大研究计划项目和国家其他科技计划项目，须在报告正文的“研究基础”部分说明本申请项目与其他相关项目的区别与联系。
6．本次公布的12个重大项目指南纳入2009年度基金项目申请的集中接收范围，自2009年3月2日开始，3月20日16时截止（法定节假日不办公）。3月16-20日在自然科学基金委接收现场集中办公。
7．依托单位须在截止时间（3月20日16时）之前通过互联网报送电子申请书，报送方式可选择：（1）通过自然科学基金项目申报系统（MiniIRIS系统）打包上传；（2）通过基金项目管理ISIS网络信息系统逐项提交。
8．所有申请均须通过依托单位报送电子申请书和1份签字盖章的纸质申请书原件，且电子申请书与纸质申请书的内容必须一致。报送纸质申请材料要求有依托单位公函、申请项目清单和纸质申请书原件，不接收个人直接报送的申请。
9．纸质申请材料可直接送至自然科学基金委。邮寄报送的申请材料，需提前以速递方式直接寄自然科学基金委集中接收工作组（以发信邮戳日期为准），并在信封左下角标注“重大项目申请材料”。请勿使用包裹，以免延误申请。
“植物适应性辐射的动力与机制”重大项目指南
适应性辐射是指在较短的地史时期内来自于同一谱系或祖先的生物种类急剧增加，且在形态和适应特征上出现明显差异的现象(Schluter 2000)。适应性辐射往往和重大的地质事件和气候变化相伴随，结果是直接导致生物大爆发，同时伴随着大爆发后的大灭绝。由于适应性辐射是极为复杂的过程，受相互交织在一起的诸多因素影响（
遗传、生态、发育和环境等），故对适应性辐射的现象及其机制的探讨一直是进化生物学中的一大难题。
迄今，在不同进化尺度上采用不同手段收集各种证据开展了大量的适应性进化研究，涉及适应性辐射类群的系统发育重建和进化历史、适应性辐射的速率和式样、适应性辐射的生态背景和遗传发育基础以及适应性辐射对特殊生态系统形成和演变的影响等等，但关于适应性辐射的诸多问题仍缺乏足够的研究，许多假说均存在很大的争议。
近年来进化发育遗传学和进化基因组学等新兴交叉学科的出现，大量化石的发现和古植物学理论的发展，为人们深入了解和重新审视植物进化过程中的独特的现象提供了可能。
开展植物适应性辐射机制的研究不仅有助于更全面认识生物进化的过程和机制，同时也将为植物资源的保护和合理开发奠定理论基础。
一、科学目标
本项目拟采用多学科的理论和方法，从我国特殊地域选择由适应性辐射产生的代表性植物类群，利用化石、生物大分子证据和进化发育生物学方法，结合比较形态学、基因组学、古生物学、古气候学和生物地理学等方面的证据，从形态、基因和基因组水平揭示植物适应性辐射的规律，阐释非生物环境和生物因素在物种分化和快速形成中的作用；探讨突变、重复和调控模式变化对适应性辐射进化中产生关键性状的影响，从分子水平阐明相关基因家族的起源与进化。
二、研究内容
选择具有代表性的一个植物类群，开展如下三个方面的研究：
（一）适应性辐射形成的动力。
结合地质事件与当时的气候、地理环境的证据，同时需要化石提供当时的动物类群和其他植物类群的状况等，研究适应性辐射的动力因素，并探讨适应性变异发生的随机性和定向性与适应性辐射的关系。
（二）与适应性辐射相关的基因家族的起源和进化。
通过对不同植物类群中重要功能基因家族成员的表达调控模式、蛋白质功能以及整个代谢途径的研究，在分子水平上阐明类群适应的机理。
（三）适应性辐射过程中基因组的动态及其适应机制。
在基因组整体水平上进行比较分析，探讨物种、基因和基因组之间在功能上的进化关系及生态学意义。在基因组水平阐明适应性辐射过程和机制。
三、资助年限 4年（2010年1月至2013年12月）
四、资助经费 1000万元
五、申请注意事项
申请书的资助类别选择“重大项目”，亚类说明选择“项目申请书”或“课题申请书”，附注说明选择“植物适应性辐射的动力与机制”。
“项目申请书”中的“主要参与者”只填写各课题“申请人”相关信息；“签字和盖章页”中“依托单位公章”盖“项目申请人”所属依托单位公章，“合作单位公章”盖“课题申请人”所属依托单位公章。
“课题申请书”中的“主要参与者”包括课题所有主要成员相关信息；“签字和盖章页”中“依托单位公章”盖“课题申请人”所属依托单位公章，“合作单位公章”盖合作单位的法人单位公章。
“项目申请书”和“课题申请书”通过各自的依托单位提交。
项目承担单位数合计不超过3个。
本项目由生命科学部和地球科学部联合提出，由生命科学部负责组织评审。
“DNA条形码标准基因的进化和隐存生物多样性研究”重大项目指南
准确的物种鉴定是人类认知自然和可持续发展的必要前提。基于形态学特征鉴定物种难以满足科学发展的巨大需求。DNA条形码提供了可信息化的分类学标准和有效的分类学手段，成为进展最迅速的学科前沿之一。通过DNA条形码，人类发现了更多隐存种，揭示了更加丰富的生物多样性；DNA条形码为研究物种的进化规律和遗传变异提供了独特的海量数据；基于涵盖大量物种的DNA条形码标准序列建立的系统树为研究生物进化过程提供了新的机会。通过基因组的分析，筛选广泛适用于的DNA条形码标准基因，进而研究标准基因的变异规律，奠定标准基因设计优化的理论基础是生命条形码计划发展的关键。本项目将在已有的研究基础上，选择部分分类学基础好我国有优势的动物类群，基于DNA条形码序列研究发现新种和隐存种的理论和方法，揭示隐存多样性（cryptic diversity）。完善动物DNA条形码标准基因系统，研究其进化规律。探讨与物种系统发育相关的重要进化事件。
一、科学目标
筛选新的动物DNA条形码标准基因，研究标准基因的变异规律，优化标准基因的设计，为不同动物类群标记基因的选取及设计提供理论依据。推动发现我国动物隐存多样性，探讨基于DNA条形码序列发现新种和隐存种的理论和方法。获得DNA条形码标准基因序列6000条，并整合到iBOL 中国镜像节点。在国际上领导组织几个重要类群的研究。基于系统发育关系，研究重要的进化事件及其规律。
二、研究内容
（一）动物DNA条形码标准基因的筛选及优化。通过对不同动物类群基因组（尤其是线粒体基因组）的分析，研究广泛适用于各动物类群的2-3个新的DNA条形码标准基因及其生物学意义；研究现行的（COI）和新的条形码标准基因在不同动物类群的变异规律，奠定标准基因设计优化的理论基础。
（二）基于DNA条形码序列研究发现新种和隐存种的理论和方法，揭示动物隐存多样性。形态分析、生态学和生物学性状与DNA条形码相结合，在精细尺度上理解物种多样性和生物学特征。
（三）与物种系统发育相关的进化事件。基于DNA条形码标准基因序列构建的系统树，研究和探讨诸如物种分化，生物地理等进化问题。
三、资助年限 4年（2010年1月至2013年12月）
四、资助经费 1000万元
五、申请注意事项
申请书的资助类别选择“重大项目”，亚类说明选择“项目申请书”或“课题申请书”，附注说明选择“DNA条形码标准基因的进化和隐存生物多样性研究”。
“项目申请书”中的“主要参与者”只填写各课题“申请人”相关信息；“签字和盖章页”中“依托单位公章”盖“项目申请人”所属依托单位公章，“合作单位公章”盖“课题申请人”所属依托单位公章。
“课题申请书”中的“主要参与者”包括课题所有主要成员相关信息；“签字和盖章页”中“依托单位公章”盖“课题申请人”所属依托单位公章，“合作单位公章”盖合作单位的法人单位公章。
“项目申请书”和“课题申请书”应当通过各自的依托单位提交。
项目承担单位数合计不超过3个。
本项目由生命科学部、信息科学部和地球科学部联合提出，由生命科学部负责组织评审。
“神经环路的形成及其信息处理原理”重大项目指南
脑科学是21世纪最重要的科学前沿之一。理解脑和神经环路信息加工和处理的工作原理，不但对理解人类自身高级精神活动具有重要理论意义，同时也将对信息科学和人工智能领域产生跨学科的、革命性的影响。随着现代生物医学的发展，人类平均寿命逐年延长，神经系统疾病已经成为困扰老龄化社会的顽症，理解神经环路的信息处理原理也是实现保护脑的前提。
人类大脑由近一百亿个神经细胞组成，可粗略地分为感觉、运动和整合系统，每个系统又可分为若干子系统（例如，感觉中的视觉、听觉、嗅觉、躯体感觉，等等），其功能的实施依赖于不同类型、处于神经系统不同部位的细胞之间形成的精确联系。这种具有明确功能意义的、神经细胞之间的纤维联系就是神经回路或神经网络。
近二十多年来，神经科学在分子和细胞水平上的研究取得了突飞猛进的发展，在系统水平上的整合研究也取得了许多重要进展。然而，我们仍然不能对神经系统的工作原理进行有效的描述。其根本原因之一是尚未能建立从微观分子、细胞水平研究到宏观整体研究的密切联系，而神经回路正是联系分子细胞功能与整体行为功能之间的桥梁。目前，我们缺乏对功能特定的神经环路的形成与修饰、信息编码、加工与处理、及其与行为间关系的深入了解，从根本上阻碍了我们对脑的工作原理的深层次理解。
一、科学目标
本项目集中研究解剖结构相对明确的神经环路，发现相关神经环路发育的关键调控分子机理；在与特定行为（如感知觉或学习记忆或强化-犒赏等）相关神经环路的信息处理原理方面，取得新的理论认识；建立相关神经环路信息处理的数学模型，为发展神经环路与微电子芯片的对接技术提供理论支持；在神经科学及相关学科的核心
学术期刊发表研究
论文，产生原创性的、有较大影响的学术成果。
二、研究内容
神经系统存在形式繁多的神经环路，但这些神经环路通常具有某些共同的特点。选择解剖结构清楚、具有功能代表性的一种神经环路（例如，感知觉、学习记忆、行为决策、强化-犒赏、药物成瘾，等等，申请时只能选择其中一种），以探索脑的基本工作原理。本项目拟从以下三个方面展开研究：
（一）神经环路的结构、发育与修饰。
研究特定功能神经环路中各类神经元轴突和树突生长、突触形成的分子调控机理，以及神经环路形成后的修饰；运用现代成像技术，研究神经环路中的不同的神经元如何连接形成特异性环路，以及在不同外界刺激后神经环路的结构和功能修饰过程；应用转基因动物或基因操作的方法，改变特定基因的表达和神经元的兴奋性，揭示这些基因在神经环路形成和修饰过程中的作用。
（二）神经环路的信息处理及行为。
运用离体脑片技术、脑功能成像技术、在体多通道记录技术及光学成像和光遗传技术，研究特定功能相关的神经环路信息加工、传递、时空动力学及与行为输出的关系；应用基因操纵等在体基因表达干预技术，研究神经环路的信息整合及其关键的分子和细胞调控机制，以及对相关行为的影响。
（三）神经环路与电子回路的桥接与信息交互。
通过简单神经环路体外重建，构建能反映复杂神经环路工作原理的简化实验模型；建立基于神经生物学研究成果的、描述相关神经环路的数学模型，构建一些描述神经环路信息处理原理的“运算单元”，以及一些对神经环路的工作原理进行有效描述的数学方法，模拟神经环路信息传递和功能调控。在此基础上研究用于神经环路电信号探测和激励用的微电极阵列，对神经信号进行放大、处理和再生的微电子芯片系统；研究神经信号的编码信息和特定编码神经信号的生成机理与方法，研究多通道神经信号的协调再生与反馈机制；探索受损神经环路微电子辅助功能再生的途径。
三、资助年限 4年（2010年1月至2013年12月）
四、资助经费 1000万元
五、申请注意事项
申请书的资助类别选择“重大项目”，亚类说明选择“项目申请书”或“课题申请书”，附注说明选择“神经环路的形成及其信息处理原理”。
“项目申请书”中的“主要参与者”只填写各课题“申请人”相关信息；“签字和盖章页”中“依托单位公章”盖“项目申请人”所属依托单位公章，“合作单位公章”盖“课题申请人”所属依托单位公章。
“课题申请书”中的“主要参与者”包括课题所有主要成员相关信息；“签字和盖章页”中“依托单位公章”盖“课题申请人”所属依托单位公章，“合作单位公章”盖合作单位的法人单位公章。
“项目申请书”和“课题申请书”应当通过各自的依托单位提交。
整个项目设置3个课题，项目承担单位数合计不超过3个。希望参加申请的课题组能够整合神经科学和信息科学（尤其是微电子学和生物医学影像技术）的力量，针对同一种功能的神经环路开展研究。
本项目由生命科学部和信息科学部联合提出，由生命科学部负责组织评审。
“
肿瘤分子成像基础研究”重大项目指南
分子影像学是传统的医学影像技术与现代分子生物学相结合而产生了一门新兴的交叉学科，是非侵入性地对活体内的参与生理和病理过程的分子进行定性或定量可视化的一种全新的科学观察方法与手段。以单病种肿瘤为模型，研究在体的分子成像理论与方法，为揭示肿瘤细胞的发生、发展与凋亡的在体活动规律提供方法与工具，是肿瘤分子成像基础研究的关键科学问题。
随着人类基因组测序的完成和后基因组时代的到来，通过对核酸—蛋白质、蛋白质—蛋白质分子间的相互作用关系分析疾病的发病机理，为疾病发生的早期预警、诊断和疗效评估提供新的方法与手段，已经成为健康监测和生命科学研究的当务之急；而多学科交叉、多种方法组合、从不同的角度针对同一生命过程进行多模式、多参数的分子成像，将成为探索、解释生命过程奥秘的有效新方法和新手段。因此，分子影像学研究对了解生命的生理、病理过程以及疾对病的早期诊断与治疗均具有重要的科学意义和应用价值。
一、科学目标
以某一种肿瘤为模型，在活体上观察特异性标记的肿瘤细胞与分子的活动过程，研究分子影像的成像理论与建模，肿瘤分子的在体定位、定量及可视化，为肿瘤细胞发生、发展与凋亡的在体活动规律提供方法与工具。
通过本项目的研究，培养出分子影像学多学科交叉的研究队伍和技术力量，并建立多学科合作机制，为今后的医学-生物学发展储备技术。此外，还可推动分子影像在生物学、
药学和
临床医学中的应用，并通过实际应用促进学科整合和发展水平。
二、研究内容
选择一种肿瘤为模型开展如下三个方面的研究：
（一）分子影像的成像理论与建模。
研究分子影像学的成像理论，如光、声、磁等在复杂生物组织中的输运等方面的理论；以一种肿瘤为研究对象，建立适用于不同性质生物组织的分子成像模型；利用不同模态信息的融合和分析，建立基于不同成像模式或多模态的分子成像计算模型。
（二）肿瘤分子的在体定位、定量及可视化。
根据测量数据计算模型信号强度分布；根据模型信号强度分布，利用鲁棒有效的重建算法对体内的肿瘤部位进行定位、定量重建；将得到的模型信号强度分布、定位定量情况实现二维、三维可视化。
（三）为肿瘤细胞发生、发展与凋亡的在体活动规律提供方法与工具。
研究靶分子是否进入细胞以及在各脏器和组织的分布、定位聚积、信号强度变化情况；在体实时监测肿瘤干预效果，提供直观量化的疗效评估指标；为研究单病种癌细胞的发生、发展、凋亡、以及肿瘤干预的机制提供方法与工具。
三、资助年限 4年（2010年1月至2013年12月）
四、资助经费 1000万元
五、申请注意事项
申请书的资助类别选择“重大项目”，亚类说明选择“项目申请书”或“课题申请书”，附注说明选择“肿瘤分子成像基础研究”。
“项目申请书”中的“主要参与者”只填写各课题“申请人”相关信息；“签字和盖章页”中“依托单位公章”盖“项目申请人”所属依托单位公章，“合作单位公章”盖“课题申请人”所属依托单位公章。
“课题申请书”中的“主要参与者”包括课题所有主要成员相关信息；“签字和盖章页”中“依托单位公章”盖“课题申请人”所属依托单位公章，“合作单位公章”盖合作单位的法人单位公章。
“项目申请书”和“课题申请书”应当通过各自的依托单位提交。
项目承担单位数合计不超过3个。
本项目由生命科学部、数理科学部和信息科学部联合提出，由生命科学部负责组织评审。
作者：
2009-1-23