2009年12月8日，科技部组织专家在杭州对传染病诊治国家重点实验室进行验收。科技部基础研究司、教育部科技司、科技部基础研究
管理中心相关负责同志参加验收会。验收专家组由来自全国7所大学及研究机构的专家组成，中国科学院院院士、中国医学科学院强伯勤教授担任验收专家组组长。
专家组认真听取了实验室主任、中国工程院院士李兰娟教授的工作报告，现场考察了实验室，并与实验室科研骨干、依托单位领导进行了座谈。专家组认为传染病诊治国家重点实验室结合国家需求与科学发展，突出自身特色，围绕病毒性肝炎发病机制及新型防治技术研究、
艾滋病病毒感染的诊断和防治技术研究、感染
微生物和感染免疫学、新发与再现传染病的诊治研究四个研究方向开展了基础与
临床等方面的科学研究，取得了一系列重要的具有国际影响的成果。实验室总体定位明确，研究目标集中。
实验室在建设期间内，实验室承担了包括传染病防治科技重大专项、973、863等在内的一批科研项目，获国家科技进步二等奖1项。实验室坚持“开发、竞争、流动、联合”的运行机制，形成了一整套科学管理制度。开展了国内外的科研合作与
学术交流，成功主办了多次国际人工肝会议等大型国际会议，并邀请一批著名科学家到实验室访问、讲学。
专家组一致认为传染病诊治国家重点实验室在科学研究、队伍建设、实验平台建设、对外开放和运行管理等方面完成了建设计划任务，同意通过验收。同时，专家组就实验室如何进一步凝练研究重点，充分发挥临床和基础密切结合的优势以及如何加强创新性诊治技术的研究等提出了中肯的建议。
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