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自医学部第十次党代会以来，基础医学院在北京大学、医学部的领导下，在学科建设、科研、教学等方面取得了很大的成绩，特别是近三年来取得了突破性进展，为实现冲击世界一流大学的目标，正在加速前进。学院近年来的主要成绩如下：
一、圆满完成保持共产党员先进性教育活动
根据北京大学党委的统一部署，2005年9月中旬至12月中旬我院党委在党员中开展了保持共产党员先进性教育活动。全院25个党支部，471名党员参加了先进性教育活动。经过学习动员，分析评议，整改提高三个阶段的工作，圆满完成了先进性教育活动各阶段的任务。总体来说，我院的先进性教育活动开局良好，工作扎实，成效明显。通过先进性教育活动的开展，我院广大党员更加深刻地认识到了先进性教育活动的重大意义，形成了共识，进一步增强了保持共产党员先进性的自觉性，在思想上，作风上，工作上受到了一次深刻的洗礼，党的组织进一步增强了凝聚力和影响力。学院党政领导班子整改方案切实可行，经群众满意度测评，满意和基本满意率为95%，并荣获医学部先进单位。这充分说明我院的先进性教育活动真正成为了大多数党内外“群众满意的工程”。
二、 管理改革取得显著成绩
（一）提高领导创新意识和管理水平
03年初医学部为学院从美国引进了具有丰富管理经验、较高学术和教学水平的骨干人才担任院长，并更换了院系领导班子，让有领导能力、德才兼备、有创新意识的学术带头人担任领导工作，要求各系要达到国内领先，力争世界一流。其中院系领导班子换届都采取了与以往不同的方式。院领导班子换届采取公开招聘、竞争上岗的方式；系领导班子换届采取在教职工中做民意测验、上任前做就职报告、每年向全系教职工做述职报告、建立监督机制等方式。全院教职工积极参与这些管理体制改革活动。
（二）扩大和健全学术委员会，发挥专家在学院建设和发展中的作用
重新组建了以学科带头人为主的学术委员会，扩大和增强了学术委员会的议事范围，健全了学术审批的标准和程序，以学术为纲，民主集中，集体领导，为学院的发展创建了学术氛围。
（三）率先出台人事改革方案，建立适应创建一流大学的用人机制
（四）适应医学前沿发展，优化基础医学学科体系
科学研究和教学的活力来源于学科，创新人才必须在创新活力显著的学科内进行培养。近年来，学院不断对学科结构进行调整和优化。在原有学科的基础上进行了必要的合并和重建，在已合并组建的人体解剖学与组织胚胎学系、生理学与病理生理学系、生物物理学系、病原生物学系、生物医学实验教学中心的基础上，新建了神经生物学系、医学遗传学系和医学信息学系，加强学科发展优势，适应医学前沿发展。
（五）大力引进优秀人才，加强师资队伍建设
我院大量引进国外优秀人才，引进国内外优秀学科带头人强化学科建设。近年来共引进20多名来自美国、欧洲、日本等国家的优秀人才，他们均在国外获得博士学位，并至少在国外受过3～5年的博士后训练，在科研和管理上有较强的能力，其中7名聘为“长江学者” ，引进的优秀人才大部分已成为学科带头人，基本完成了学科带头人的新老交替。
在不断引进国外高层次优秀人才的同时，采取多种形式不断提高现有师资队伍整体水平和素质，保证教师队伍结构合理，在流动中保持稳定。现有教工411人，教师235人，包括中科院院士4人，工程院院士1人，长江特聘教授7名。获得“国家杰出青年科学基金”者6人，人事部和卫生部“突出贡献中青年科技专家”8人，教育部跨世纪优秀人才7人。教授61人，博士生导师50人，硕士生导师45人。
（六）启动实验用房管理办法，加大科研成果的产出
为了合理分配实验室，鼓励多出科研成果。学院出台了《北京大学基础医学院实验用房管理办法（暂行）》，并得到了全院教职工的关注，经过几上几下多次讨论，才趋于完善。此项工作已经启动，虽然还没有正式实施，但大部分退休教师已退出多年不用的实验室。这一改革措施的制定，将解决学院多年实验用房紧张状况，实验室分配和使用不合理的问题，为加大科研成果的产出奠定了基础。
三、教学改革取得丰硕成果
(一) 学科优势转为教学优势，教书育人成绩斐然
我院不断将高质量的学科水平转化为教学优势。经学院全体教职工多年的努力，特别是近年来推行的几项重要的教学改革措施，使学院在教学体制、教学内容和方法、软硬件建设等方面都得到了较大的改进和完善。2003年学院将基础医学课程压缩1/4-1/3，开始实施跨学科的以问题为中心的教学（PBL），受到教师和学生的欢迎。
我院现有国家级精品课程4门，市级精品课程4门，2005年病理学系的《新世纪病理学课程体系》和生化与分子生物学系的《努力建设精品课程，大力促进素质教育》两个项目荣获国家级教学成果奖二等奖，北京市级教学成果奖一等奖。新编基础医学本科生用课程教材48部（不包括辅导教材），2002年范少光教授撰写的《人体生理学》、2005年周爱儒教授撰写的《生物化学》、陈慰峰院士撰写的《医学免疫学》被评为了全国普通高等学校优秀教材；2004年吴立玲教授撰写的《病理生理学》、朱文玉教授撰写的《医学生理学》和唐军民教授撰写的《组织学和胚胎学彩色图谱》被评为了北京高等教育精品教材。
2004年9月国家理科人才培养基地检查评估中，专家组认为学院“在基地建设的各方面都有了突破性进展，基地建设的成果达到了优秀水平”。2005年我院圆满完成了研究生课程体系改革工作。课程总门数由原来的62门改为59门，取消了12门旧的课程，新开了9门课程。2006年我院的实验教学中心被评为北京市高等学校实验教学示范中心。
值得一提的是，在工作中我们特别注意到对部分优秀学生的培养，吸引他们参加教师的科学研究，充分发挥我们的学科优势，使之体现在个性化教育上，力争将他们培养成出色的优秀生，近年来本科生发表论文80余篇，其中SCI收录论文23篇。
（二）加强教学管理、保证教学质量
学院建立了专业教学委员会和教学督导组,加大对教学的支持和奖惩力度，在岗位评定过程中，对教师的教学工作做出相应的要求，同时也对教学工作给予一定倾斜，对于在教学改革和课程建设方面作出突出贡献人员，可破格定岗。对教学优秀者实施奖励，鼓励教学改革和创新。上述教学改革措施，充分调动了教师投身教学工作的积极性。
（三）结合八年制基础医学教学模式，开展创新性人才培养
北大医学部率先在国内招收基础医学专业学生并于2001年由五年制改为八年制，学院正在积极努力探索有特色的八年制基础医学教学模式。学院以学生全面素质教育和创新能力培养为基本目标，特别强调科学思维训练、解决问题能力和创新精神的培养。在北京大学前期人文、社会和自然学科培养的基础上，结合医学领域新概念、新知识和新技术发展迅速的特点，早抓医学科学启蒙教育、重视科学实践训练，特别注重学生学习、掌握、整合、运用新理论和新技术能力的培养。
四、科研水平显著提高
我院科研工作成绩斐然，科研经费大幅度提高，凸现出我院科研人员在国内科研竞争力的强势地位。2002年以来获得科学研究项目448项，批准经费18706万元；其中国家重点计划如“973”获11项，批准经费1455万；”863” 获16项，批准经费1928万。
科研论文在全国医学院校遥遥领先，而且在本院几个生物专业的学科论文，以及在全国综合院校的生物院系对比中也处于前列。2002－2005年共发表论文1560篇，其中SCI收录文章551篇，影响因子合计1581.35。2003年韩济生院士在Trends In Neurosciences上发表综述，该期刊的影响因子为14.749；顾江教授在JAMA上发表通讯，该期刊的影响因子为24.831。2004年于常海教授在New Eng J Med上发表研究通讯，该期刊的影响因子为44.016; 陈光慧老师在Nature Cell Biology上发表论著，该期刊的影响因子为19.717;于常海教授在Nature Biotechnology上发表研究通讯，该期刊的影响因子为22.738;尚永丰教授在Genes and Development上发表论著，该期刊的影响因子为15.61；2005年尚永丰教授在Nature上发表论著，该期刊的影响因子为29.273；顾江教授在Journal Of Experimental Medicine发表论著，该期刊的影响因子为13.965;蒋文跃副教授在Trends In Pharmacological Sciences 上发表评述，该期刊的影响因子为10.372; 2006年尚永丰教授在Nature Reviews Cancer上发表综述，该期刊的影响因子为31.694；尚永丰教授在The Embo Journal上发表论著，该期刊的影响因子为10.053；鲁凤民教授在New Eng J Med上发表通讯，该期刊的影响因子为44.016。
2002－2006年我院科研成果获奖10项；独立获准教育部重点学科4个；与校本部联合申请获准3个；部级重点实验室4个；学院每年成功举办多次国际研讨会，进一步增加了国际交流与合作。在2003年全国基础医学一级学科评估中，我院在学术队伍、科学研究、人才培养和学术声誉等四个方面的整体水平排名荣获第一，充分显示了我校基础医学一级学科的整体实力和国内领先地位。
五、大力推动学院工会、教代会建设，努力构建和谐学院
为了进一步完善教代会制度，加强学院的民主管理和民主监督工作，加强党风廉正建设，学院于2002年制定了《北京大学基础医学院院务公开实施方案》，05年进行了修订和完善。此项工作与学院发展有机地结合起来，成为促进学院发展的有效工作机制。另外，为了保障广大教职工参与民主决策、民主管理和民主监督，保障维护广大教职工的合法权益，调动教职工参与学院民主建设的积极性，我院制定了《北京大学基础医学院民主评议领导干部（暂行）办法》，并将此项工作提到了教代会的正式议程。在二届二次教代会上，教代会代表首次民主评议了学院行政领导干部的工作，各位院长向教代会代表做了述职报告，代表们对院领导的工作提出了建议和意见，此项工作在广大教职工中反响很大，收到了良好的效果，对学院整体工作的开展起到了促进作用。此外，学院还建立了系主任的管理机制，制定了《北京大学基础医学院系主任岗位职责》和《北京大学基础医学院监督机制实施办法》。明确规定每年学系主任、副主任要在全系范围内做述职报告，加强了基层单位的民主建设，调动了教职工参与学系建设和发展的积极性，发挥了教职工在学系工作中民主管理、民主监督的作用，维护了教职工的合法权益，对促进基层单位的稳定和谐发展具有重要意义。
2005年底，医学部工会“建家验收小组”对我院工会、教代会建设工作进行了全面检查验收，对我院“建家工作”所取得的成绩给予了充分的肯定和高度评价，我院工会被授予“模范教工之家”的光荣称号。
六、以理论基础为指导，以学科专业化为目标，创新性地开展学生工作
北京大学基础医学院是北京大学医学部内，学生数量最多，专业最多的一个学院。学生的特点是年级分布广泛，年龄偏低，随着学校教学制度改革的推进，多种轨道学制建设也成为新的特点。学院以下几方面创新性的开展了一些特色工作。
（一） 充分利用学生两校园学习的机会，结合北大的传统和特色，探索长学制学生思想政治教育的模式，为学生工作提供较为完善的理论基础。
长学制医学生的特点是专业课程多、学制长、医学实践环节多、学生课余时间少，他们缺少足够的时间和经历去学习政治理论和参与社会生活。因此我们根据学生的实际情况注重各年级学生的特点，相应的开展教育工作。
根据实际情况我们组织了“燕圆医学情”系列活动，使两个校区的学生互通有无，高年级学生身体力行去引导新生和低年级学生，使他们不至于因为校区改变和学习环境的变化而引发适应障碍。日常教育中注意结合北大的传统文化和特色，鼓励学生在北大校园内积极参与各项活动，加强学生的人文社会科学基础，同时激发学生的参与意识，使学生多关心时事，提高学生的思想政治素质。引导学生树立正确的理想信念，增强政治鉴别力。
（二）坚持将专兼职队伍建设作为基础，以学生干部网络建设为保证，不断完善学生管理和服务体系，为学生全面成长创造条件，为学生工作提供坚强的组织保证。
为保证对学生的管理更加规范和深入细致，我院配备了大量的兼职班主任，建立起了专兼职相结合的学生工作队伍。为鼓励青年教师从事班主任工作，每年学院都在年底对兼职班主任进行评比和奖励，并建立兼职班主任档案，对给予学生工作的学系也给予一定的奖励。
由于学生数量太多，为了更好的做好每一名学生的工作，学院注重建立学生干部网络，定期对学生干部进行培训，形成了完善、充满活力的团学联组织，各班班委会和团支部也发挥的基层组织的作用，目前学院已经形成了宿舍长―班长班主任―年级主任―学生办公室―学院党委之间相互沟通的网状联系体系。各年级学生、各专业学生沟通良好，以学生相互影响，促进学生的稳定。
（三）以学生党支部标准化建设为契机，带动团员意识教育，大力推进学生思想政治教育，创造教育主阵地和稳定的校园环境。
我院学生党员占学生总数的10～15％以上，人数较多，流动性较大。为了更好的发挥党员学生的先锋模范作用，学院党委和学生办公室将支部的标准化建设作为契机，不断加大学生党建工作。学生党总支书记由院党委副书记担任，每个学生支部的书记、支委都由学生担任，但每个支部指定一名学办专职教师担任指导教师，学生积极分子的培养好组织发展工作，都由学生党员负责。
在学生党支部的建设上，我们采取纵向模式，以专业和班级为基础建立支部，目前学院共有学生党支部9个。各个支部的构成都是高年级带低年级，各班建有党小组，这种模式，使学生党支部的活动开展起来更加灵活，学生支部书记定期参加学院的党委扩大会议，学生的积极性得到了极大的提高。
根据党委的统一安排，学生支部的发展工作也不断标准化，学院每年发展的新党员约60多人，党员数量的增加，大大的推进了我院学生思想政治教育的成效。以党建带团建，我们的党员活动以及各学生党员的表现，带动广大团员不断要求进步，学院团组织的工组也取得了长足的进步。团支部也进行了标准化的建设，加强了基层团组织的作用，通过一系列的主题团日活动和支部风采展示，增强团员意识，形成了党团组织作为学生自我教育主阵地的环境。
（四）依托理科基地建设，加强学生社会实践工作和心理健康教育。
基础医学是国家理科基地之一，为了提高学生素质，学院领导决定，每年从理科基地中划出一定的基金，支持学生的社会实践活动。这一举措使基础医学院的社会实践活动取得了很大的成果，不但学生在活动中受到了教育，也收到了较好的社会效益，所到之处，各地政府和媒体都给予了很高的评价。
为鼓励学生在学术上有所突破，理科基地也专门设立了理科基地奖学金，为理科基地班的学生配备了专业导师，这些导师都是硕士导师以上水平，目前已有学生以第一作者的身份在国内、外学术期刊上发表文章。
上述成绩的取得离不开学院在行政管理、教学和科研等方面进行的一系列改革和创新。北京大学基础医学院全院师生正在团结奋进，广泛借鉴国内外先进的管理模式和经验，加速创建具有中国特色的世界一流的基础医学院。