在实施长学制招生计划和培养模式后，在教学体系、教材建设、课程设置、师资培养、素质教育等方面做出了较大的调整与改革，进一步转变教学思想，更新“教与学”观念的讨论，以不断提高人才培养质量为目标。本科生长学制教育在“加强基础、淡化专业、因材施教、后期分流”的培养方针下，突出了学生能力和学习主动性的培养，逐步建立以学生为主体的个性化教育模式，修订并实施了新的教学计划，增加了现代生物学和基础医学课程，新开了“现代生物技术理论与实验”课程，增大了选修课和前沿课程的比例。从2004年开始，在本科生和长学制学生中试行学分制，为此建立了学分划分方法，编写了课程简介，确定了课程编码，并初步设计了学分制计算机管理系统。
在全院教师的共同努力下，近两年教育教学取得了优良成绩，“药学研究型人才培养模式研究”获2005年北京大学、北京市教学成果一等奖，“基础化学教学改革”获2005年北京大学教学成果一等奖，“本科生导师制”获2005年北京大学教育成果二等奖。“药物化学、有机化学、天然药物学”获北大医学部优秀教学集体一等奖。“无机化学、药用植物学”分别获北京大学、北大医学部精品课程。“药物化学和物理化学”获省部级优秀教材奖。基础化学教学实验中心的建立，为教学资源的管理和利用、对于实验课的规范化和基本的教学质量，起到了保证作用。目前，专业教学实验中心正在筹建中，17部长学制教材正在陆续出版，双语教学在稳步推进。
研究生教育重在提高质量。对培养方案、培养途径等环节进行改革，增加了“本硕连读、硕博连读”的规模，强调了导师的指导职责。深入推进硕士生综合考试改革工作，强化了培养过程的督察和管理。扩大了毕业
论文盲评的比例，博士学位论文全部采取“双盲”评审，硕士研究生1/3“双盲”评审，大力倡导质量意识和精品意识。学院不断提供研究生参与国际交流的机会，积极推动与澳门、美国、日本等大学的联合培养项目，拓展了地域和国际间学习和交流的广度和深度。
成人教育和继续教育规模不断扩展，质量逐步提高。2004~2005年是药学院继续教育工作丰收的年度，药物化学学科被评为国家级继续医学教育基地，在基地建设方面实现零突破，两个继教项目首次获得教育部经费支持。近2年接收全国各类研修人员50多名，其它各类外延性继续教育不断扩展，如执业药师继续教育等不断迈向新台阶，这些工作不仅体现了大学的社会服务功能，也扩大了药学院对外影响。以提高药学院教师队伍的教学、科研能力为目的对内继续教育也开展的丰富多彩。
四、努力提高整体科研水平，推进科技成果转化
在“211”和“985”项目的重点支持下，药学院一些教授参与了《国家中长期科技发展规划》，《“十一五”规划》的研究制定，已初步形成了优秀的科研群体和团队。承担国家重大科研项目的竞争能力进一步增强，科研经费稳步递增，国家自然科学基金中标率稳定在35%~40%，重点基金和杰出青年基金不断增加，基础研究亮点增加，产生了某些具有国内领先和世界先进水平的科研成果，承担了国家重大科研项目的竞争能力进一步增强，国家自然科学基金中标率稳定在35%～40%，科研经费、重点基金和杰出青年基金稳步递增。近两年每年所获各类科研经费在2000万元左右，专利申请逐年增加，2004和2005两年申请专利达48项。学院发表的论文数目逐年增长，2004年和2005年发表论文384篇，SCI收录了177篇，且总的影响因子大幅度提高，一些优秀论文在国际著名杂志上发表（如：周田彦副教授在Nucleic Acids Research杂志、叶新山教授在J.MED.CHEM杂志发表的科研论文，影响因子分别是6.575和5.076）。2004年以张礼和院士为首的《核酸》研究获国家自然科学二等奖，另有数项教育部、卫生部提名的国家科学技术奖和北京市科技奖。药学院的核酸研究水平和获奖数目继续保持国内、国际领先地位。在2003年进行的全国药学学科评估中，药学院科学研究、学术地位两项排全国第一。教材、专著编写数量和水平稳步提高，仅2004年就出版了13部。2003～2004年度，在全国药学学科评估中，药学院科学研究、学术地位两项排名全国第一，学院的基础研究水平和获奖数目继续保持国内同行领先水平。学院在完成“创新药物与药学科技创新平台的设计与论证”中，组织北大相关学科建设研究平台，不同学科与专业之间的学术交流更加活跃，把握和跟踪世界学术前沿的能力明显增强。
科学研究水平整体实力的提高，有利地促进了产学研结合的进一步发展。近两年，药学院每年签订各类技术合作、转让合同及合同资金总额逐年增加。在研的一类化学药6 项，学院成立了新药开发委员会，进一步加快科技成果转化。
五、积极推进人才队伍建设
2001年以来，药学院按照学校人事制度改革和师资队伍建设的指导思想，加大了改革力度，修订了药学院《教师聘任和职务晋升工作实施细则》。在职称评定中坚持学术水平第一的原则、送审的论文全部由校外同行专家进行评审；师资的引进，严把入口关，新教师的录用实行公开招聘的原则；重新修订和细化了岗位聘任细则，较好的实施了三类九级岗位聘任制度，提高了教师队伍从事科研的积极性。国家有突出贡献的中青年专家、国家杰出青年基金获得者，拥有博士学位的教师数量等指标逐年增加。教授的平均年龄在50.5岁，45岁以下教授占38.2%，有博士学位教师占教师总数的47%。现有长江特聘教授1名，教育部创新团队1个。
进一步做好现有教师队伍培养工作，是人才建设的另一重点。药学院高度重视做好青年教师的教育和培养，采取在职申请学位和送出去相结合的办法进行重点培养。学院设立了青年科研基金（每人3万元支持期限3年），第一批（2003年）资助了13名青年教师开展科研工作，加强培养，收到了良好的效果。06年又启动了第二批青年科研基金。支持青年教师科研课题启动，鼓励青年教师独立开展创新性研究，尽快成长。经过近几年的努力，药学院的师资队伍结构更加优化，竞争和激励机制日趋完善，整体上形成了一批高水平的教师队伍，为培养高水平的人才打下了牢固的基础。
六、建立和完善民主管理体制和运行机制，促进依法行政
学院围绕创建一流大学的中心工作，不断完善民主管理体制和运行机制，坚持依法行政为教学科研服好务。院机关各科室强化服务意识，加强理论和管理业务学习，改变工作作风，在管理水平、工作效率、日常服务等方面有了明显提高，2004年院办公室被医学部评为文明服务先进科室。学院注重充分发挥各类（学术、教学、对外交流、科技开发）委员会的作用，重视各委员会具有的权威性和代表性的管理形式。如：在学科规划、人才引进、学术争议、人事制度改革等事项上，院办公会讨论后，还要经学术委员会讨论，充分听取意见后再决策。
学院重视发挥民主党派积极参与民主决策、民主管理和民主监督的作用。如：邀请党外和民主党派代表参加学院工作研讨会；做好日常的沟通与联系，每年召开一至二次座谈会，认真听取他们的意见和建议。药学院的九三、民盟等民主团体和侨联组织关注学院的发展，积极谏言献策，活动活跃，促进着学院的和谐建设。
学院重视支持院教授学术沙龙、研究生学术沙龙、青年教师联谊会等开展活动。在加强学科之间交流与沟通，促进各学科平衡发展的同时进一步拓宽民主管理、全员参与管理的工作渠道。
学院充分利用现代化快捷手段（学院网页、简报、宣传栏等），建立畅通的信息传递体系。及时、快捷、全面、准确地公开和发布各种信息，使广大教职工有最大限度的知情权。建立院长接待日，设立网上院长信箱等，为全院教职工创造谏言谏策、随时提出宝贵意见和建议的便利条件。
结合药学院的工作实际，完善和建立不同层次的沟通渠道。坚持每年一次的教职工代表大会制度；每年一次召开学院中层干部工作研讨会；每学期召开一至二次系室主任、党支部书记会；每学期组织一次工会委员、组长和党支部书记联席会；教代会主席团工作会；每月一次党委会；每周一次院领导办公会，以及定期召开不同层次的座谈会和不定期的召开工会干部学习、工作会，努力搭建信息交流、上下互动的公开平台与民主管理运行机制，广泛认真地听取师生员工的意见和建议，对学院重大重要事项决策认真听取、充分论证、科学决策。使广大教职工了解学院的发展与建设，努力营造和谐的学院工作氛围。
在院党委的领导下，经过全院教职工的共同努力，几年来，药学院在教代会建设、院务公开、工会活动等多项工作中，取得了优异的成绩。多次获得医学部工会构建和谐校园“精品活动奖”，以及“民主建设奖”等多项建家工作单项奖，并荣获2006年“教代会制度建设先进单位”、“校务公开先进单位”称号。