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在首先召开的大会预备会上院校工会常务副主席、大会秘书长张有利向全体代表汇报了本届大会的筹备工作情况，并主持通过了大会主席团组成名单和代表替补名单。
大会在雄壮的国歌声中正式开幕。
与会代表认真听取了刘德培院校长作的题为《坚持改革创新 推动科学发展 为实现院校战略发展目标而不懈奋斗》的2007年院校工作报告。报告全面客观、实事求是的回顾了院校2007年的工作，部署和提出了院校当前工作的战略目标。报告共分为三个部分：一、2007年主要工作回顾；二、清醒认识面临的形势，以改革创新精神解决发展道路上的困难与挑战；三、扎实工作，开拓进取，奋力实现院校战略发展目标。刘德培在总结2007年院校工作体会和认识时说，发展是我们解决问题的钥匙，是我们事业不断开创新局面的根本。我们必须紧紧抓住当前的重要战略机遇期，一心一意谋发展，集中精力促发展，不断创新发展理念，破解发展难题，推动事业不断发展。发展必须要坚持全面协调可持续的发展，要统筹医教研产的发展，统筹所院的发展，统筹院校与所院的关系，统筹医科院与协和医学院的关系，统筹院校与外部的关系，真正做到全面协调可持续的要求，有效推动院校事业科学发展。他说，科学发展观的核心是以人为本。人才是事业发展的最可宝贵的财富。要牢固树立人才资源是第一资源的观念。他强调实现院校的战略发展目标，必须大力弘扬求真务实的精神，大兴求真务实之风，扎扎实实做好每个单位、每个部门、每个岗位的工作。同时必须坚持党政齐抓共管、协调统一，创建和谐发展环境。实践证明：党政合，事业兴；党政分，事业衰。坚强团结的党政领导集体、和谐融洽的党政关系是事业发展的强有力保证。
刘德培在报告中阐述了当前院校战略发展目标的整体思路。他指出，当前院校已经确立了将中国医学科学院不断做大做强、成为中国医学科学研究创新体系的核心基地和新型国家级医学科学院，同时将北京协和医学院不断做实做精、创建以医学精英教育为特色的高等医学教育创新模式示范的战略发展目标。要实现这一战略发展目标，我们就必须要发扬改革创新、团结奋进、求真务实的精神，围绕如何“做强、做大、做精、做实”上狠下功夫，谋划发展思路，制定具体策略与措施，有效推动院校各项工作的落实和这一战略发展目标的实现。他还从四个方面对落实和实现这一战略发展目标提出了具体的策略和要求。（一）做强医科院，着力加强创新能力建设；（二）做大医科院，着力拓展空间与外部资源；（三）做精协和医学院，着力创建模式示范；（四）做实协和医学院，着力构建教育实体。
会上，代表们还分别听取和审议了由副院校长詹启敏作的科研专题工作报告；副院校长宋学民作的财务工作报告及业务招待费开支情况报告；提案委员会许培扬主任作的提案工作报告；经审委员会主任王言平作的工会经审工作报告；并向各位与会代表提交了工会工作书面报告。
下午，各参会代表团分组对大会各项报告展开了积极热烈的讨论，并提出了意见和建议，由各组组长向大会作了汇报。
大会由副院校长何维和党委副书记、院校工会主席林长胜分别主持了上下午的正式会议。
党委书记李立明在大会的闭幕式上发表讲话，他说，各参会代表团在分组讨论中对大会所作的报告提出了十分中肯的意见和建议，院校领导班子将对这些意见和建议以及院校战略发展目标的总体思路召开会议，进一步研讨达成共识。我们要一步一个脚印的去落实和推动实现院校的目标和愿景。他指出，当前院校发展迎来了一个历史的机遇。在机遇和挑战面前我们要保持清醒的头脑，找准方向和定位是十分重要的。首先必须明确的是我们要在现行体制下，考虑如何调整机制促进发展。坚持以医、教、研为中心，这是我们现行的体制、特色以及历史的发展所决定的。我们要明确认识到：医、教、研三方面的工作，一定要互相支撑，互为依托。我们要坚持搞好内涵建设，要把自己的事情首先做好。医科院要做大做强，协和医学院要作精做实，对医院也要提出明确的要求，要把院校建设成为真正的国家队。他强调人才建设的重要性，要建立大的人才观。他指出，海归是人才，在国内坚持医疗、科研、教学和服务的人员、管理干部、科技开发和后勤保障人员同样也是人才，不可偏废一方，全面的人才观，是我们事业成功的保证。在人才问题上领导要有宽厚的胸怀，容得下人才，要创造条件引进人才，形成环境养护人才，积极培养使用人才，广开财源支持人才，形成良好的氛围，才能留住人才，才能使院校的目标得以实现。
最后李立明对本届大会作了进一步的总结。他说，本届大会是在全院校认真贯彻党的十七大精神，加快实现院校战略性发展目标的关键时刻召开的一次盛会。通过大会主席团和全体代表的共同努力顺利地完成了大会预定的会议议程，是一次进一步动员、凝聚全院校教职员工为加快院校发展而努力奋斗的大会，是一次汇集集体智慧审议讨论院校改革重大工作的务实大会，也是推进院校民主政治建设的一次重要大会。他代表院校党委提出几点意见和建议：1、要认真贯彻十七大精神，深刻理解加强民主建设的重要意义。2、各所院党政领导要高度重视和支持教代会工作。3、各级领导要充分发挥教代会和工会的作用，提高民主管理能力。4、抓住机遇、扎实工作为实现院校院校战略目标而努力奋斗。2008年是院校实现战略性发展目标的关键性一年。教代会、工会要围绕院校工作报告提出的主要工作任务加紧开展工作，积极调动全体员工以主人翁的责任感和使命感，从本职工作入手，积极参与不断开创教代会和工会工作新局面。