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1月6日，我校启动了“2008年度十件大事”网络票选活动，网络投票平台于2009年1月6日开放，至2009年1月16日关闭，历时11天。投票期间，广大师生踊跃参与，共有220人（限每人一次）参与此次投票，累计票数达1517张，从20件候选事件中选出了年度10件大事。（按得票多少顺序排列）：
1、我校被世界卫生组织再度确认为WHO传统医学合作中心
2、《中华本草》通过国家中医药管理局验收，各级媒体和学界给予高度评价
3、我校主办的“2008南京国际中医药论坛”隆重召开
4、中国共产党南京中医药大学第一次代表大会胜利召开
5、胡锦涛总书记接见我校副校长刘沈林，高度评价江苏中医工作
6、我校派出江苏高校唯一一支小分队，赴四川开展抗震救灾志愿服务活动
7、我校中医学、中药学、护理学专业被教育部评为国家级特色专业建设点
8、我校隆重开展改革开放30年暨复校30周年系列纪念活动
9、我校制订并颁布《南京中医药大学章程》
10、我校“精诚计划”入选教育部人才培养模式创新实验区建设项目