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1月12日，我校启动了“2009年度十件大事”网络票选活动。投票期间，广大师生踊跃参与，累计票数达2693张，从20件候选事件中选出了年度10件大事。（按得票多少顺序排列）：
1、周仲瑛、徐景藩、朱良春教授被授予“国医大师”荣誉称号
2、“《中华本草》编纂研究”获江苏省科技进步一等奖
3、汪受传教授当选世界中医药学会联合会儿科专业委员会会长
4、中医临床实验教学中心被教育部、财政部评为国家级实验教学示范中心建设单位
5、我校学子在湖南卫视《天天向上》栏目向全国观众展示中医药文化
6、我校承办江苏省第十七届高校“校长杯”乒乓球赛
7、段金廒教授主持的“中药资源及资源化学基础与应用示范性研究”获2008年度教育部科技进步一等奖
8、针灸推拿学和中药资源与开发专业成为第四批国家级特色专业建设点；中医内科学、中药炮制学和中医内科护理学三门课程成为2009年度国家精品课程
9、我校与泰州医药高新技术产业园管委会签约联合建设南京中医药大学-泰州中国医药城中医药研究院
10、我校在第十一届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛中喜创佳绩