科学家们对引起严重急性呼吸综合症 （SARS）的病毒基因组进行了研究。他们说，相关病毒的比较研究提供了新的证据，证明感染人类的该病毒起源于蝙蝠。
该分析对引起SARS的病毒在人类及动物宿主中的传播途径进行了追踪，其结论与SARS在2004年已被根除的主张相左。2004年，在中国有数千只果子狸因被看成是SARS爆发的根源而遭捕杀，希望籍此根绝新的SARS爆发的危险。
根据这一新的分析，人类看来实际上是这些果子狸体内所发现的病毒的来源。果子狸在中国南方被看作是一种野味佳肴。
本研究的主要作者Daniel Janies是美国俄亥俄州立大学生物医学信息学助理教授。他说：“当然，世上还存在与SARS密切相关的尚未被发现的病毒，而这些病毒与宿主动物之间新的关联性仍然不为人知。我们对世界上病毒与宿主的多样性缺乏了解是SARS样疾病重新出现的令人担心的一个来源。”
作为这项调查的一部分，为了进一步阐释SARS爆发的速度，Janies及其同僚还设计了一个相动图来追踪SARS的
遗传、地理分布及进化历史。该图还显示了SARS病毒在何时何地从动物转移到了人类宿主身上。该图可用Google Earth投射到一个虚拟的地球上，并可在网站
http://supramap.osu.edu/cov/janiesetal2008covsars.kmz,上进行下载。
该研究在《遗传分类学》（Cladistics）的网络版上刊载。
SARS从亚洲到北美的快速传播促使了人们在科学与医疗活动上进行合作以中断该疾病在人群中的传染，并分享有关该病毒遗传特征方面的数据。尽管研究的数据被共享，但科学家们在确定引起人类SARS的冠状病毒（被称为SARS-CoV）的动物来源上没有取得一致的意见。
冠状病毒主要引起哺乳动物和鸟类的上呼吸道和胃肠道感染，而且感染人类的已知该类病毒只有几种。在SARS爆发前，对冠状病毒的了解主要局限于农业和兽医学领域。SARS在人群中的快速传播使得对冠状病毒的研究进入到了人类传染性疾病和比较基因组学的领域。
Janies及其同僚并不是提出蝙蝠是SARS来源的首批科学家 – 有2个研究团队在2005年利用取自几种病毒的数种基因确认了几种中国的蝙蝠是该类病毒的天然储库。但是Janies说，他用了数百种病毒的全部基因组对冠状病毒的起源进行了最大规模与最全面的分析以验证那些发现。
将基本的进化理论应用于病毒学的研究，他的小组对该疾病的历史进行了重新构建。他说，基因组的数据终结了任何有关果子狸是SARS来源的观念。
Janies说：“事实是，果子狸并非SARS的动物宿主。我们有关该病毒的最佳例证是在该病毒感染人类之前，蝙蝠体内就窝藏着一种SARS病毒株—但是我们仍然可以在SARS从动物传播到人类的历史中看到某些缺失的环节，因为我们对冠状病毒的多元性知道得不多。如果人们对该蝙蝠病毒的感染方式进行观察的话可以得知，该病毒与人类细胞并不能进行良好的相互作用，因此现在对该病毒如何从蝙蝠转移到人类宿主身上仍然没有明确的解释。肯定有存在于其它作为中间宿主的动物体内的它种SARS-CoV。”
“就手中的数据来说，我们可以看到该病毒是如何利用不同的宿主，从蝙蝠转移到人再转移到果子狸这一顺序的。因此，果子狸实际上是从人那里感染SARS的。我们看到这一演变的事情进展，但是其它的有关蝙蝠病毒与人类细胞相互作用不良的生物化学报告则提示，在野生世界中仍然还有一个缺失的环节。”
为了得出这些结论，Janies及其同僚取得了数百种不同SARS-CoV病毒分离株的遗传学数据，这些病毒株取自人类、不同的蝙蝠、果子狸、浣熊、獾及猪的体内。科学家们对每种病毒的核苷酸序列进行了测定。研究人员将许多电脑联系在一起，应用生物信息学来分析数量巨大的数据、比较病毒的基因组并通过搜寻共有的变异来构建所谓的系统发生树。
最终获得的这一系统发生树是一个分支图，该图阐明了不同病毒的相互关系。该系统发生树还显示了不同SARS病毒株在不同宿主种系间跳跃式传播及变异的时间轴。在这棵树上，SARS-CoV病毒从蝙蝠宿主传播到人，又从人传播到果子狸与猪，并且在罕见的情况下，在感染爆发的晚期又传播回人身上。
Janies的实验室将这些分析又深入了许多。他们用的是从人类、母牛、大鼠、猫、狗、小鼠、火鸡和猪身上分离出的冠状病毒的基因组。Janies说，在进化分析中加入这些额外的“外围集团”为研究提供了一个更为广泛的背景，使得研究人员可以在这一背景下对SARS-CoV进行追踪蹑迹，并排除其它未被考虑的可能的冠状病毒来源。其实，纳入外围集团病毒只是为了确保研究者不会遗漏SARS-CoV系统发生树的根源部分。
Janies说：“人们需要对造成疾病爆发的冠状病毒以外区域进行搜寻以建立一条基线，这样就可以有一个参照点，然后从树的根部开始，人们可以观察到该病毒在宿主间进行互换的整个历史。”
他说，这种对来龙去脉的分析以前还没有在SARS-CoV病毒上使用过。“显示这些另类的冠状病毒与SARS-CoV在哪里发生关联可以为发现SARS-CoV的起源，及其在不同的动物和人类宿主间的互换方向提供无可争辩及不带偏见的方法。”
由于可公开获得的有关冠状病毒的遗传学数据依然短缺，因此Janies说，只有通过发现更多的病毒并对其进行基因测序才能了解有关SARS的完整故事。
Janies说，SARS-CoV病毒传播的互动图可以帮助将研究人员导向冠状病毒宿主动物可能家园的地理上的热区，因为这些热区看来最有可能发生病毒从动物到人类宿主的跳跃传播。（来源：EurekAlert!中文版）
作者：
2008-2-23