当SARS刚从广东经香港向世界其他地方传播的时候，新加坡的科学家根据有限的SARS冠状病毒基因组序列的差异，将病毒从基因型上分成两支。从流行病学看，一大支是与广东有关的，另一支则与从广州去香港的病人A有关。
关于广东和广州的传染病，广东省和广州市疾病预防和控制中心（CDC）从SARS发现初期开始，就做了两件非常好的工作。第一是做非常详细的流行病学记录，对于所有传播链上的每一个病人，都有极其详细的个人病史记录和传播关系记录。第二是收集了这些人的生物学样本。我们把这些人的样本拿出来，对所含病毒进行全基因组测序，结合详尽的流行病学数据，开展分子流行病学分析，终于打开了SARS发病早期、中期和晚期的“黑匣子”，看清了它从哪里来，又往何处去。
SARS爆发初期，病毒传播能力看来不是很强，在人口稠密的城市里，与动物过分接触（如野生动物市场）或“扎堆”活动（如在地下室通宵打牌）都是诱发早期发病的重要原因。此后，医院内感染是一个重要的途径。一个重要的案例是，当SARS在广州中山二院爆发时，被感染的医务人员没有一个传染给家属，因为他们一发现症状就主动隔离治疗，不回家。唯一的例外是中山二院一个护工，她的工作是将门诊室里面的一些病人接到肾病科住院。由于缺乏医学知识，出现症状后，她没有及时就医隔离，还在工作，这样就传给了一个肾病科的医生，也就是后来与香港传播密切有关的病人A。病人A到了香港以后，白天到处购物，但没有传染任何一个人。那天晚上，他入住京华大酒店911号房间。这一晚上，却是走到哪里传染到哪里，包括他所乘过的电梯，他出来后，第二个人进去就传染上了。这天晚上有9个人受到感染，然后由他们将SARS带到了新加坡、加拿大、德国、法兰克福等世界各地。
像这样在很短时间内出现很强的疾病传播的现象，在SARS流行期间多次发生，被称为“超级传播者”或“超级传播事件”。虽然造成这种现象的原因包括病毒变异，宿主（病人）个体差异，以及其他各种与病人社会生活环境因素，我们还是可以从分子流行病学的分析中，得到有趣的教益。
还是这位身为医生的病人A，去香港之前他得过一次典型肺炎，服用抗生素以后就好了，烧也退了。那位护工病很轻，没有很复杂的治疗过程，两个星期就痊愈出院了。但是，基因组测序表明，SARS冠状病毒在经过医生A之后，出现了若干明显而稳定的突变。自此以后，从香港传向世界各地的病毒就几乎没有检测到重要的氨基酸变异，迄今全世界各地测出来的病毒都属于这同一个类型，而从传播和致病的表型来看，这确实是一种致病力特别强的人冠状病毒。虽然到6月份以后，香港某一家医院分离的病毒基因组出现了较大片段的缺失，但这些病毒的致病能力似乎没有减弱。所有这些现象表明，病毒致病力的突变，往往没有太明确的可预测性；但是，如果在人体内反复传播，致病力或传播力较弱的病毒，是有可能在较短的时间内，进化变异为一种比较烈性的类型，造成疾病的大流行。
作者：
2009-5-17