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作为人体免疫系统攻击的靶标，许多病毒病原体的表面蛋白序列和结构都具有巨大的差异性，这能帮助它们逃脱中和抗体的抑制作用。这种不断改变形状的机制，造成了受感染宿主中出现多种病毒，其学术用语为“准种（quasispecies）”，在像是艾滋病HIV这样的慢性感染中十分常见。
来自美国国家过敏和传染病研究所等处的研究人员发现人类可以利用自身复杂多变的抗体，对这些病毒感染作出应答，此前要分析血清中抗体复杂化合物，了解天然免疫应答中的克隆成分，一直存在技术难题，而最新这些研究则采用了一种新方法，结合大规模芯片技术，以及运算法则，破解了这一难题。
近期抗体工程师们在分离对抗流感病毒和HIV病毒的单克隆抗体方面，取得了实质性的进展，这些抗体未来也许能作为被动免疫或治疗的生物药物。但是目前尚不清楚单克隆抗体相对特异性的识别结构域，是否能识别感染患者或人群中出现的大量病毒。幸运的是，哺乳动物的免疫系统能通过多种多样抗体库来对抗病毒的准种，因此可以活性疫苗可以进行多种选择，诱导抗病毒抗体的广谱作用。
要知道哪些抗体发挥的作用，分析感染者的血清是一种好办法，血清中含有多克隆抗体，这意味着它含有许多不同的抗体，它们中有些可中和某特定病毒的范围广泛的病毒株，而其它的抗体则不能。
研究人员针对艾滋病-1（HIV-1）展开了研究，这种病毒只有四个易于广谱中和抗体结合的位置，因此便于研究人员评估抗体中和模式。从中研究人员获得了4个令人惊讶和有用的信息：
（1）通过多克隆HIV免疫血清，研究人员发现了一个相对少量的病毒组（少于36个），揭示了抗原识别模式，这一发现提供了一种新方法，能用于评估对新实验HIV疫苗作出应答的抗体的质量和广谱性，而且也像是出HIV毒株可变性是可以追踪到的。
（2）这一研究结果揭示出了不同个体之间不同的识别模式，这十分有趣，因为关于病毒如何利用其单个表位上一个或几个氨基酸的变化，就能逃脱多克隆抗体的中和活性，一直以来就是一个迷。流感病毒抗原漂移就是这种现象的一个典型例子。 这一最新HIV研究则指出，每个个体都有自己的特征，即一个或几个主识别点，而不是所有的抗原位点。
研究人员不仅发现了30种不同的中和特征，而且还设计出了一种特别的运算规则，能利用个体特征从24个HIV-1感染患者的血清样品中，分离出发生中和了的抗体，这对于抗原表位特异性，以及免疫系统对病毒的反应机制来说，具有重要的意义，也有助于设计新型疫苗。
这些抗体技术上的进化是未来我们对战HIV和流感的法宝，而疫苗，迄今为止还只是一种经验性科学，也需要从基于整个野生型蛋白的表达，或者减活病毒，转变为基于大规模核苷酸和氨基酸序列研究，结构测定，以及抗原这些方面上来。通过以结构为基础的免疫原设计，以及清晰的HIV病毒抗原多样性设定，开发出下一代HIV疫苗，指日可待！