医学研究的终极目的是治愈疾病，基因疗法作为一种全新的疾病治疗手段近２０年来发展迅速，人类基因组计划的实施以及所取得的成果，不仅使人类开始更加清楚地了解自身，而且为基因诊断和基因治疗的研究、开发与产业化奠定了基础。但是，基因疗法与具有百年历史的药物疗法相比尚处在“婴儿期”，还有许多有待解决的难题。基因疗法２０多年来步履艰难，希望与失望并存。
在ＤＮＡ水平治病
基因疗法是指将外源正常基因导入靶细胞，通过替代异常基因、封闭致病基因、剪去致病基因、修复受损基因和重建基因调控系统等，以纠正或补偿因基因缺陷和异常所引起的疾病，从而达到治疗的目的。简单地说，就是通过基因转移技术将外源基因插入病人适当的受体细胞中，使外源基因在体内制造的产物能治疗某种疾病。从广义上讲，基因疗法包括了从ＤＮＡ水平采取的治疗某些疾病的一系列措施和新技术。
早在１９６８年，美国科学家迈克尔·布莱泽就首次提出了基因疗法的概念，早期基因疗法的概念比较局限，仅指对
遗传缺失基因的修复，主要用于单基因遗传病的治疗。经过多年的发展，现在基因疗法已经不单单用于遗传缺失基因的修复，它也广泛用于治疗
癌症、多基因疾病、传染性疾病、心血管疾病等，由于基因疗法针对的是疾病的根源——异常基因本身，因而具有重大的医学价值和巨大的商业价值。
基因疗法首次提出了将遗传物质导入体内来治疗人类疾病的概念。一方面，它的实现将为医学带来革命性的进步；另一方面，基因疗法无论从技术上还是伦理学上都涉及到许多新概念、新问题和新挑战，因此，从一开始基因疗法就引起了
学术界和产业界乃至公众的极大热情和关注，同时也一直伴随着疑问和争议。
虽然单基因遗传病是基因疗法的最佳候选者，但是疾病的产生往往是基因、环境和行为因素共同作用的结果，只有少数情况可以找到明确的致病基因并设计出针对性的基因疗法。除了单基因遗传病以外，染色体病和多基因的发病机理更为复杂，涉及的基因异常更多。现在已经开始有越来越多的证据显示，许多疾病都有多基因遗传的基础，如
高血压、
糖尿病、类风湿性关节炎等。对于这类复杂疾病，遗传度越高、涉及的基因越少，针对缺陷或致病基因的基因疗法才越有可能取得预期的效果。
步履蹒跚
理论上讲，从遗传性疾病到癌症，从感染性疾病到心血管疾病……基因疗法几乎“无所不能”。１９９０年至今已开展了６００余项基因疗法
临床试验，参加试验的患者人数超过３５００人。但到目前为止，经基因疗法试验治疗过的遗传病也只有屈指可数的海洋性
贫血等十几种疾病和一些
肿瘤，而真正取得了疗效的更是微乎其微，基因疗法可谓步履蹒跚。
１９９０年９月１４日，一位４岁小女孩在美国接受了第一例基因疗法临床试验。这个孩子患有一种名为“先天性重症联合免疫缺陷综合征”的罕见的遗传病，这种病又称为腺苷脱氨酶基因缺乏症ＡＤＡ。由于基因缺失，导致了她的免疫机能异常低下并极易全身感染。美国科学家Ｆｒｅｎｃｈ Ａｎｄｅｒｓｎ将小女孩血中的Ｔ淋巴细胞取出，并将其与ＡＤＡ基因在体外精心培养后，使ＡＤＡ基因嵌进Ｔ淋巴细胞内，然后，再把已嵌入并“粘”上了ＡＤＡ基因的Ｔ淋巴细胞输入女孩子体内，让ＡＤＡ基因在患者体内发挥作用，从而达到治疗的目的。这次治疗也由此成为世界基因疗法历史上标志性的事件，并由此拉开了基因疗法研究和开发的序幕，基因疗法也从此点燃了人类战胜疾病的新希望。
但是，好景不长。由于陆续发现部分经过基因疗法的儿童出现了类白血病样症状，基因疗法被迫停止。特别是１９９９年９月《自然》杂志公布的首例“杰辛格”基因疗法失败的事件更是令世界舆论哗然。事件的起因是，美国亚利桑那州１８岁的高中毕业生泽西·杰辛格因患乌氨酸氨甲酰基转移酶（ＯＴＣ）部分缺失症，在宾夕法尼亚大学基因疗法研究所接受基因疗法，杰辛格在接受基因疗法４天后出现发烧、凝血障碍而死亡。
杰辛格绝非是基因疗法试验中唯一的不幸者。《自然》杂志于２０００年报道了美国国立卫生研究院（ＮＩＨ）前任院长瓦姆斯（Ｖａｍｕｓ）透露的消息说：有６９１例采用腺病毒进行基因疗法临床试验发生的严重事件，但事发后立即向ＮＩＨ汇报的只有３９例。“杰辛格事件”发生后不久美国宣布暂时停止基因疗法临床试验，基因疗法从此雪上加霜。“杰辛格事件”后美国食品与药品
管理局（ＦＤＡ）在与各研究单位的反复论证后，于２００１年４月在华盛顿举行会议，重新放开基因疗法临床试验，同时明确要定期对基因疗法进行检查。
安全性与有效性
基因疗法的安全性问题是目前争论得最为激烈的问题。基因转移技术不同于一般的新药应用，它被认为是充满着很大希望，但同时又潜在着很大的风险的现代生物治疗技术。很多专家都认为：基因疗法并不是一种低风险或绝对安全的治疗方法，特别是对临床基因疗法而言，安全性显得尤为重要。
由于病毒整合和病原体活动，转基因过程中广泛使用的病毒载体或非病毒载体会有可能导致出现各种病理或免疫反应，如急慢性毒性、细胞或体液免疫反应。随着基因疗法产品的发展和临床申请的增加，尤其是不断出现的基因治疗事故，使得基因疗法的安全性问题越来越多地受到人们的关注。因此，临床基因疗法选用病毒载体的第一项原则必须是对患者没有毒性作用的，所以如何改造基因疗法载体，特别是解决逆转录病毒的安全性问题成为未来基因疗法研究和临床试验的一大热点问题。
法国研究人员近来进行的临床基因疗法试验已发现，随机插入的ＤＮＡ明显激活了邻近的癌基因，并导致了两位患者罹患白血病，其发生原因可能是激发了失控的细胞生长，从而致癌。此外在基因疗法研究中，如何控制好“量”也是一个大问题。有分析认为，杰辛格的治疗失败可能与直接接受的腺病毒颗粒剂量过大有关。
虽然人类基因组计划的完成重新燃起了人们对基因疗法的热情，但是世界许多国家的科学家对短期内基因疗法研究的前景并不乐观，指出基因疗法的“步子”不应过快。这是由于从目前已有的方案和已进行的临床基因疗法试验来看，虽然有些取得了一定疗效，但由于存在某些尚无法预测的潜在的毒副作用，缺乏对照比较和对治疗效果的量化评判指标，因此对于基因疗法的真正效果，目前尚无法作出肯定的令人信服的结论。鉴于基因疗法所面临的安全性等方面的问题，许多国家都要求任何一个基因治疗方案的实施都要根据严格的技术规程与标准，由有关的行政管理机构进行审批和监督。
另外令科学家感到失望的是，绝大多数的载体基因疗法尚未取得人们所期望的效果。限制基因疗法效果的主要原因，一是转基因至体细胞内适当位点的“低效性”，二是目前大部分的基因疗法是非特异的，因此无法对大量的多基因疾病进行治疗。
除了安全性和有效性以外，基因疗法另一个棘手的问题便是由此带来的伦理学问题。围绕基因治疗可能带来的社会和伦理问题的争论从来就没有停止过，有人认为，人类基因治疗技术如果轻率地使用的话将产生巨大的危害。如有的科学家担心，生殖系统的基因治疗将有可能永久地改变某个个体后代的遗传结构，因此人类的基因库也将会受到永久的影响，而在操作过程中一旦发生技术或判断上的失误，将会导致大范围的影响。
基因疗法目前还只是处于试验阶段，尚未进入较大规模的临床试验阶段，更谈不上常规的临床治疗。基因疗法只有２０年左右的历史，与其它生物治疗技术一样还有待进一步的发展与完善。随着基因导入系统、表达调控元件以及新的治疗基因的发现，恶性肿瘤等疾病的基因疗法将会成为目前众多疑难病治疗的重中之重，并在防止肿瘤的转移、复发等方面发挥重要的作用。随着电脉冲技术的完善和表达调控系统研究的突破，基因药物将成为基因工程领域的重要竞争者，更多的疑难病患者将成为基因疗法的受益者，但现在尚不能对基因疗法抱有太大的期望。
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