来自麻省理工学院，Whitehead生物医药研究所，霍德华休斯医学院的研究人员提出了一种新的转录组测序高通量方法，这种方法能避免“poly(A)”方法的局限性，对于转录组测序方法的发展具有重要意义。这一研究成果公布在Nature杂志上。
领导这一研究的是麻省理工学院的David P. Bartel教授，这位microRNA方面世界级的领军人物汤姆森科技信息集团公布的“生物学领域最热门的机构、作者、期刊排名”中，入选高影响力
论文数量排名作者：Bartel教授的19篇高影响力论文共被引4542次，每篇论文平均被引239.1次。Bartel教授主要从事的研究包括RNAi，miRNAs以及small RNAs分子等方面。
转录组（transcriptom）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合；狭义上指所有mRNA的集合。蛋白质是行使细胞功能的主要承担者，蛋白质组是细胞功能和状态的最直接描述，而由于目前蛋白质实验技术的限制，转录组成为研究基因表达的主要手段。转录组是连接基因组
遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带，转录水平的调控是目前研究最多的，也是生物体最重要的调控方式。转录组测序可以得到特定条件下所有mRNA转录本的丰度信息，从而发现新的转录本和可变剪接体。
以往的转录组测序原理是当基因转录成RNA时，聚合酶延伸到超过蛋白编码的部分，来形成“3'未翻译区域” (UTR)，该区域含调控性序列并帮助翻译。腺嘌呤被添加到3'UTR，转录组测序的标准方法基于 “poly(A)”尾巴的结合。
而在这篇文章中，研究人员提出了一种3P-Seq（poly(A)-position profiling by sequencing）方法，并利用这种方法分析线虫的3' UTR，获得了8580个额外的UTRs，从而解析了线虫3' UTR的形成，调控和进化。
这种3P-Seq的原理如下图，首先将一种配体（splint-ligation）与带有生物素引物绑定位点的poly(A)结合（步骤1），然后通过T1核酶部分消化（步骤2）， 再洗脱捕捉poly(A)，并且与加入的dTTP作用。之后再利用RNase H释放，最终用到高通量测序中去。这种方法精度更高，而且可以避免“poly(A)”方法的局限性。
Bartel教授研究组近期还发现了MiRNA影响mRNA的机制，他们发现miRNA主要通过使目标mRNA失去稳定性来发挥作用，而不是通过抑制它们的翻译来发挥作用。这与之前的研究发现并不相同。
（生物通：万纹）
作者：
2011-1-12