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《公约》决定禁止或限制使用１２种持久性有机污染物，其中８种是有机氯杀虫剂：艾氏剂（农业上用于防治农作物害虫，可引起人肝功能障碍、致癌），氯丹（又称氯化茚、１０６８，主要用于防治地下害虫、白蚁和卫生害虫，可使人致癌），狄氏剂（用于防治蚊、蝇、白蚁、蝗虫以及地下害虫、棉花害虫、森林害虫，可引起人肝功能障碍、致癌），异狄氏剂（用于防治棉花害虫、水稻害虫、甘蔗害虫、鼠类，可妨碍人发育、致癌），七氯（又称七氯化茚，农业上用于防治地下害虫及卫生害虫，可影响人的生殖器官、致癌），灭蚁灵（用于防治棉象鼻虫和害虫、蝇、蟑螂，可使人致癌），毒杀芬（又称氯化茨烯、３９５６，用于防治棉花害虫、地下害虫、蝇、蟑螂，可使人致癌），滴滴涕（又称二二三，农业、林业、粮食卫生等行业用来防治害虫，影响人的肝脏、致癌）。以上８种有机氯杀虫剂中的前７种将在公约正式生效（至少５０个国家批准）时停止生产和使用，只有滴滴涕，被允许在大约２５个国家，绝大多数是非洲贫困的热带国家继续使用。他们要在世界卫生组织的指导下，严格限制使用滴滴涕对付传播疟疾的蚊子，尽快找到其他经济适用的杀虫剂。
被这项公约禁用的还有两种工业化学品：六氯苯（又名灭黑穗药，用于防治麦类黑穗病等，可影响人的肝脏），多氯联苯（主要用做电力变压器、电容器中的绝缘液，工业热载体、特种润滑油和添加剂，可使人致癌）。目前使用多氯联苯的电力变压器、电容器，只要不发生泄漏事故，可以用到２０２５年。
公约禁用的最后两种是由燃烧和工业加工带来的副产品，都属于二恶英类物质：多氯二苯并二恶英和多氯二苯并呋喃。它们有多种异构体，其中四氯化物毒性最强，１９９９年沸沸扬扬的比利时污染鸡事件就是二恶英作的怪。二恶英不但是剧毒物质，而且致癌。
列入控制的ＰＯＰｓ清单是开放性的，将来会按规定筛选程序和标准进行扩充。