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实际情况却是，截至目前，我国有关转基因品种审定的管理办法还没有出台，企业的研发和商业化工作因此步履维艰。在“积极稳妥推进转基因科研与应用”的口号之下，相关政策亟待明确。
在政策层面，有关转基因品种审定管理办法仍未出台，不仅对科研机构，对企业，也是严峻考验。国内种子企业经历转型阵痛，笑傲全球市场的种业巨头，在中国同样面临着经营的困境。由于中国外商投资指导目录中明确禁止外资企业从事转基因研发和商业行为，巨头们在中国赚足了板砖、却没赚到票房。
中国农科院生物技术研究所所长黄大昉：根据中国现在的法律和有关规定，先要进行安全性评价，安全性评价通过以后还要进行品种审定，品种审定以后它就具备了大规模种植条件。现在的问题是这两个部分由不同的部门管理，这两个部门的协调，还有很多问题。所以，到现在为止，我们还没有看到关于转基因品种审定的办法出台，抗虫棉是个例外，这么多年了，这中间有一些办法比较明确，所以抗虫棉推进也比较容易。一涉及到粮食作物，这个问题就显得比较突出。
与此同时，在科学界，“加快产业化进度”的呼声几次出现，甚至有人质疑“难道一掷万金做转基因科研，只是为了将成果束之高阁吗?”能否将对转基因产业化的态度理解为政府与科学界的区别?黄大昉的答案是否定的。