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2002年9月1日起实施的《医疗事故处理条例》，在目前的司法实践中地位尴尬：申请医疗事故技术鉴定的人越来越少；在医疗纠纷案件中，患方起诉一般都绕开“医疗事故”，而选择以“人身损害”为由；医疗机构宁可承认“差错”，也不承认有“医疗事故”；法官按“医疗事故”还是“医疗过错”判案莫衷一是；《医疗事故处理条例》的赔偿标准基本不被采用。在4月16日结束的“修改《医疗事故处理条例》课题组会议”上，来自法院、医院和卫生行政部门的专家、学者，对《医疗事故处理条例》实施以来遭遇的问题和困境进行了讨论。
医患双方回避“医疗事故”
在《医疗事故处理条例》中，“医疗事故”一词涵盖了过去的“医疗事故、医疗过错”等概念，但人们一般认为医疗事故就是极其严重的事故。而在一些医疗纠纷中，定为“一级甲等医疗事故”的案件，由于医疗机构只承担次要责任，赔偿的数目反而比“二级、三级医疗事故的主要责任”要少。患方对此很不理解，认为《条例》不公正，所以尽量不以医疗事故为由起诉，或到有关部门静坐抗议，或尽量以人身损害为由起诉。
卫生机构目前也在回避“医疗事故”。由于部分卫生行政机关根据医疗事故等级，规定了对医疗机构比较严厉的处罚标准，比如“吊销执照”、“限期停业整顿”，评审中的“一票否决”等，导致医疗机构纷纷回避“医疗事故”一词，宁可承认有很多“不足、过错”，决不承认“事故”。一些医疗事故技术鉴定专家也因为这些原因，在鉴定上只写“存在过错”，而没有是否构成医疗事故、因果关系界定和赔偿标准等结论。
申请医疗事故鉴定越来越少
在医疗纠纷中，往往是一方当事人申请医疗事故鉴定，另一方申请法医临床鉴定。虽然在调查中67％的法官认为医学会的医疗事故鉴定是公正的，但越来越多的当事人选择法医鉴定。
目前医学会只能组织专家进行医疗事故鉴定，无权接受“医疗过错”鉴定，由于医疗纠纷处理的“二元化”，鉴定也出现了“二元化”，法院往往在医疗事故鉴定外，还提出进行医疗过错鉴定。对“过错”的鉴定，医学会无权受理、无法收费、无法得出结论。在此情况下，“医疗过错鉴定”全部流向社会上的法医鉴定机构，因为在司法部的规定中，法医可以做医疗纠纷鉴定。在实践中，司法鉴定结论往往是医疗机构负全部责任，不仅患者愿意接受，医疗机构也乐于申请法医鉴定这种“不利”的鉴定，“宁可赔钱也不能因为事故接受行政处罚”。结果导致法医鉴定越来越多，申请医疗事故技术鉴定的人越来越少。
由于《医疗事故处理条例》涵盖了行政处罚和民事赔偿，两者不分，在实践中产生了矛盾。
赔偿标准医患主张各不相同
《医疗事故处理条例》对赔偿标准的规定，实际上体现了医疗行业的特殊性。但在《医疗事故处理条例》实施后，最高人民法院又颁发了《关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》，这个司法解释在赔偿项目、标准方面有了很大的变化。由于《医疗事故处理条例》的法律位阶低，《医疗事故处理条例》的赔偿标准也低于该司法解释，所以，医院主张按《医疗事故处理条例》赔偿，患者主张按该司法解释赔偿。
为了平衡这种差别，部分地区法院内部出台规定，如果按照《医疗事故处理条例》处理而使患者无法得到基本补偿的，可以使用《民法通则》及相关司法解释的规定，适当提高赔偿数额。因此在实践中，《医疗事故处理条例》的赔偿规定基本不被使用。
《条例》未细化只能“自由裁量”
近年来，患者诉医院“告知不全”侵犯知情同意权的案件越来越多。比如北京某女患者诉医院在为其进行X线检查时命她“脱光衣服”等。由于《医疗事故处理条例》对告知的要求一方面突破了《医疗机构管理条例》的规定，另一方面又缺乏明确的告知内容界定，患者往往认为，医疗诊疗中的所有细节都应该是告知内容，有的连手术后将留下疤痕这样的内容也要求告知，一些法院在判案中也坚持这种观点。
医院认为，这种告知要求在临床实践中是无法实施的，是不现实的，无论如何都难以避免因“告知不完全”而吃官司。医院认为法院由于缺乏明确规定，导致对自由裁量权的滥用，在这方面比较突出。
据了解，为规范医疗纠纷处理机制，卫生部已委托中国医院协会成立课题组，对此进行专题调研。卫生部正在酝酿适时修改《医疗事故处理条例》，必要时对此进行专门立法，以改变目前医疗纠纷法律适用方面的混乱。