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恒瑞医药2003年度报告显示，2003年，公司实现主营业务收入105，035万元，主营业务利润68，877万元，利润总额15，069万元，净利润9，452万元，分别比上年同期增38.92%、47.13%、36.36%和19.72%；每股收益达到0.37元，每股经营活动产生的现金流量净额为0.54元，净资产收益率为10.98%。
恒瑞医药主要从事化学原料药及片剂、针剂、胶囊、粉针等西药制剂的开发、制造和销售；药用SP复合膜、PTP铝箔的制造和销售。从剂型来看，2003年公司针剂的销售增长最快，销售收入和毛利分别实现5.32亿元和4.58亿元，同比分别增长77%和73%，在公司收入及毛利中所占的比重分别由40%上升到51%、56%上升到65%。从产品类别来看，抗肿瘤药的增长率较高也较稳定，并且其毛利率较高，约为88%，一直是公司收入及利润的主要来源。公司的药用包装材料主要在其控股95%的连云港中金医药包装有限公司生产，2003年实现收入2.18亿元，净利润154万元,净利润率仅0.7%。公司2004年计划将其股权全部转让给集团公司。此举将会明显降低公司的费用，并将在2004年为公司贡献部分投资收益。2003年公司共获得12个新药证书，其中一类2个，二类8个。公司能够不断研制出新产品，并不断推出进口产品的替代产品，这主要与公司对研发的投入有关。2003年公司新产品及材料试制费占公司收入的比重为5%。此外，公司积极与国内科研院校及国外知名厂商如美国Chrion和瑞典Medivir建立合作关系。