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获奖的医药卫生项目具有鲜明的时代特色，<围绕SARS等重大疾病控制研究形成了一批有分量的科技成果。
72项获奖项目包括一等奖5项，二等奖42项，三等奖25项。其中荣获一等奖的是：首都医大附属北京天坛医院赵继宗等的《微创神经外科技术平台的建立及临床应用》，首都医大附属北京朝阳医院王辰等的《严重急性呼吸综合征（SARS）的临床与基础系列研究》，中国医科院附属北京协和医院郎景和等的《子宫内膜异位症的基础与临床研究》，军事医科院微生物流行病研究所高杰英等的《痢疾基因工程菌苗及其黏膜保护作用》，中国医科院药物研究所冯亦璞等的《治疗急性缺血性脑卒中的一类新药丁基苯酞的研究》。
据介绍，2004年度北京市科学技术奖的291个获奖项目中，一等奖34项，二等奖140项，三等奖117项。