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据中国卫生部披露：为解决农民看病难，2006年中央财政对农村合作医疗的补助将达到47亿元，农村合作医疗试点2006年将覆盖全国40%的县，惠及3亿多人，2007年将扩大覆盖到60%的县，在2008年全面实行农村合作医疗制度。中新社发 刘君凤 摄
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中新网9月28日电 医院和238个乡镇卫生院的机构资料，以及17个省32个县19195户(共69208人)的入户调查资料和1471人的补充调查资料，并在18个县开展了典型调查，进行了近500人次的深入访谈或专题小组讨论。分为4个专题评估小组对资料进行了系统分析和研究，并撰写了专题评估报告。在此基础上，评估组完成了总的评估报告。
吴明介绍说，截止到2005年底，全国开展试点县达到了678个，覆盖农业人口2.36亿，占全国农业人口的26.7%，参合率达到了75.6%。总的筹资金额达到了109.03亿元，这是不包括西藏地区的。其中的中央和地方各级政府资金分别占投资总额的10.24%和47.44%。以政府投资为主，建立农民的最基本医疗保障制度这是第一次，体现了农民解决农民医疗保障的责任和义务。
吴明教授在会上还指出了中国新型农村合作医疗存在的问题和面临的挑战。第一，新型农村合作医疗的保障水平有待提高。目前，筹资水平不高，补偿水平也不高，距离帮助农民摆脱因病致贫的目标还有相当大的距离。住院费用平均补偿只有27.5%，一旦农民患了大病住院之后，需要自付较高的医疗费用。这不仅影响到合作医疗的保障水平，也影响到制度的运的质量和效果，并成为不同收入水平农民受益不均的主要原因之一。医疗救助制度的同步建立，确实改善了部分特困人口对基本医疗服务的可及性。但是由于提供补偿的资金量有限，仅有15%的救助对象能够获得60%以上的医疗费补偿。对于特困家庭，经济状况不是很好，连二三百元的资金都拿不出来，即使参加了合作医疗，但在目前较低补偿水平的情况下难以利用合作医疗所覆盖的医疗服务。
第二，尚未建立起稳定的长效筹资机制。稳定、低成本的长效筹资机制是合作医疗持续发展的前提条件，但目前在政府筹资和农民筹资两方面均存在着亟待解决的问题。对于政府筹资，在政府资金增长以及资金拨付等方面尚未建立起相关的制度保证机制，在一定程度上还受到人为因素的影响。这涉及两个问题。一是政府筹资水平随经济发展提高问题。随着社会经济发展、农民收入增长和医疗费用的自然增长，农民的筹资水平理应有所增加，否则保障水平就会相对降低。但目前采用绝对数额的筹资方法，会导致合作医疗筹资水平相对降低，使保障水平难以提高，甚至逐年降低。二是政府资金不能及时、足额到位问题。中央和省级财政补助资金占了合作医疗资金的50%以上，由于补助资金往往到下半年才到位，导致很多县报销前紧后松，上半年空帐运行，年底有可能出现资金沉淀等问题。此外，个别地市财政困难，补助资金事实上难以到位。在农民筹资方面，尽管筹资难度逐年下降，但农民的自愿缴费仍然是工作难度最大的环节。根据调查结果，仅有5%的农民认为目前筹资水平过高，因此我们认为目前并非是农民负担不起，而是受农村经济、社会文化特点、农民的价值观、合作医疗制度的实施等各种因素的影响，在相当长时期内采用农民自愿缴费的方式进行筹仍然有相当大的难度。
第三，管理资源短缺，管理能力建设亟待加强。随着合作医疗的推进，管理资源短缺和管理能力不足的问题日渐突出。首先是人员数量的不足，有人无编或无人无编的问题普遍发生。不少地区依靠临时借调或兼职人员开展工作，影响到工作质量和管理队伍的稳定性。据统计，每名合作医疗管理人员要管理5.4万名参合农民，人力不足，导致管理人员主要开展审核报销单据和录入数据，其他工作难以开展。二是管理经费和日常经费不足。多数被调查县反映合作医疗日常管理经费没有明确标准，随意性大，大部分由卫生局自己解决。经费不足导致无法保证管理支出的需要，也导致了很多工作不能按照计划正常开展。三是信息网络化管理系统建设滞后。据调查，在257个首批试点县中，80%的县使用了计算机管理，但其中46%的县尚未实行网络管理。第二，管理技术力量薄弱。多数基层合作医疗管理人员只能承担最简单的、重复性的日常管理工作，在方案设计、对提供行为的及时监督、信息分析等方面的能力较差，现在不少地区是凭经验开展工作，通过“试错”来积累经验。这不仅增加了管理成本，也影响到合作医疗的正常运行。
第四，地方监督力度不够，政策执行存在着不规范。新型农村合作医疗注重了制度化建设，但执行中一些地方不能保证制度的有效执行和措施的有效实施，关键是监督缺位和违规成本过低。尽管各试点地区都成立了合作医疗监督委员会，并制定了相应的监督制度，但由于有效监督机制缺位，监督委员会有效监督的动力不足，形式化的现象比较严重。此外，监督委员会缺乏专业技术能力，不足以对医疗服务提供方实行有效的监督。由于地方监督力度较弱，在部分地区实际操作中存在着一些违反政策和管理规定的行为。第五，对医疗机构的监管有待加强。尽管合作医疗的各种管理规定在不同程度上约束了供方的行为，但合作医疗管理规则受到了供方“对策”的挑战，部分提供者出于经济利益的考虑，想尽办法使自身利益最大限度的实现，采取了一些对策，调查发现，一些医疗机构存在着不规范的医疗行为，影响到合作医疗资金的使用效果和效率。