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针对病毒来源，中国工程院院士、中华医学会会长钟南山说，目前来看，这个病毒最有代表性的8个基因片段都是从禽过来的，没有人的，也没有猪的。所以现在最大的可能还是从禽传过来的，但是还没有充分的证据。禽传人的证据也还不够。其中有少数病例接触过禽类。
中国疾病预防控制中心卫生应急中心主任冯子健昨天也说，3月29日，中国疾病预防控制中心从病例样本中分离到H7N9禽流感病毒，完成鉴定和全基因序列分析。综合流行病学和病毒学双方面证据，提示引起此次疫情的流感病毒为禽源。但是，截至目前，尚未从病例暴露的活禽市场、禽或猪等动物及环境中获得直接病原学证据，调查还在进行中。
目前已报告的几个确诊病例中，确实在发病前有与鸡接触史，像安徽的那个病例。安徽滁州市疾病预防控制中心副主任许学伟说：“据了解，韩某当时在选鸡的过程中与鸡有过接触，但这只鸡不是她宰杀的，是由市场人员进行宰杀的，回家之后由她加工。另外，目前还没有充分的证据证明，韩某的感染与本次买鸡行为有明显关系。”