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食品安全说不清
自转基因食品问世5年来，全球约有2亿多人食用过数千种转基因食品，尚未报道过一例食品安全事件。但国外曾发现有少数几种可导致实验动物过敏，因而停止其商品化生产。转基因食品的研制目前只有动物实验，而无人体试验或长期观察。
生物富集说不清
食物链中有益物质的富集或有害物质的集聚对上一级生物的健康极为关键。目前，转基因作物大多用于饲料，这类转基因生物加入其原来没有的抗病虫害基因或抗杂草基因，其本体会有哪些富集变化，被家畜富集后又会怎样，人食用后会产生什么影响等问题，尚缺少全面系统的科研结论。
药食关系说不清
利用转基因技术可建立动物药库和植物药库，如吃一个西红柿就能预防乙肝。但这种转基因药物对人体有无风险仍需进行长期研究监测才能说得清。
生态影响说不清
转基因生物具有自然生物所不具备的优势，若被释放到环境中，可造成原有的生态平衡被打破，改变物种间的竞争关系。
基因污染说不清
转基因生物造成的基因漂移可能会破坏野生生物的遗传多样性。例如转基因作物花粉随风飘散，由此造成的基因污染将防不胜防。
全球监管说不清
现今许多转基因生物产品较多的国家，采取“外松内紧＂政策，向一些发展中国家出口转基因产品却不告之。这种现象对保护全球生物安全十分不利。作为生物大国的美国，甚至拒绝签署《生物安全议定书》。
机遇泡沫说不清
随着公众对转基因生物的深入了解和各国政府监管力度的加大，转基因产品的商业利润有所下降，科研经费也明显减少。但也有许多专家指出，转基因技术是解决全球食物短缺的重要手段，是一次可以避免风险的农业技术革命。转基因生物的安全性还有待长期观察和研究，对消费者来说，“知情选择＂是最为重要的。