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饮用水是人类生存的基本要素。自1908年以来，氯化消毒已经成为净化饮用水的重要措施，在全球范围内广泛应用，有效控制了水源所致传染病的播散。
为保证生活饮用水符合标准，阻止致病微生物在水中繁殖，许多国家要求供水管线中的水存在少量的剩余消毒剂，如德国曾经规定用户龙头水的游离氯须＞0.1毫克/升，而奥地利同期的规定是＜0.3毫克/升。
饮用水中的余氯有害吗？国外学者给小鼠饮用余氯量为200毫克/升的氯化水，分别观察30天和50天, 解剖结果显示实验小鼠脏器组织结构正常。有研究者给大鼠饮用余氯量为100毫克/升的氯化水，对其生长发育及子代未见显著病变，恶性肿瘤发病率与对照组类似。
我国部分地区饮用水源污染较严重，水源中有机物浓度高于许多发达国家，这势必增加氯化消毒过程中的耗氯量。由于耗氯量的增加会导致饮水消毒副产物(三卤甲烷、卤乙酸等)增加，故会对人体健康构成潜在危害。
国内学者通过鼠伤寒沙门氏菌致突变实验，观察氯化消毒对饮用水遗传毒性的影响。实验结果表明，未行氯化消毒的自来水有机提取物致突变反应阴性，加氯自来水水样有机提取物随着浓度的增高，诱发沙门氏菌致突变率升高。研究发现，加氯浓度分别在1毫克/升、4毫克/升时，能诱导菌株对1升/皿~ 5升/皿剂量组致突变反应，当氯浓度为9毫克/升时，能诱导0.5升/皿剂量组致突变反应阳性。
我国许多城市推广利用再生水。由于再生水中有机物含量大大高于饮用水, 因此再生水消毒副产物的浓度常常数倍于饮用水。国内学者观察再生水消毒副产物对小鼠骨髓嗜多染红细胞染色体的损伤作用、对鼠伤寒沙门氏菌的致突变作用等遗传毒性的影响，发现未实施再生水氯化消毒的样品，当消毒副产物含量较低时，不会导致遗传毒性；消毒后水样随着消毒副产物浓度的增加，可以观察到遗传毒性。
饮用水的氯化消毒副产物有着潜在的毒性，可以通过活性炭吸附、臭氧氧化等工艺来去除部分氯化副产物，改善饮用水的安全性。因此，对于氯化消毒饮用水，仅仅盯住氯含量，并不能全面反映安全性问题。