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GMP认证虽然将2000多家药企拦在了药品生产的门槛之外，然而它并未对我国整个药品生产能力产生影响。据了解，截至2004年4月底，中国应认证药品生产企业5082家，已颁发GM P证书3000余张，涉及药品生产企业数量2706家，只占总量的53%，但产量却占到了国产药品市场的85%。在上海、广东等地已通过GMP认证企业的产值甚至占到本市(省)药品生产总值的90%以上。中国医药企业管理协会执行会长于明德认为，GMP认证过后，我国医药行业产能整体过剩的情况还将加剧。
据了解，几乎所有的制药企业在进行GMP改造时都进行了不同程度的扩产。许多企业的想法都是，好不容易贷来资金，又是建车间，又是买设备，何不多建几条生产线？这种想法导致GM P改造后的企业生产能力较大幅度增加。
如茂祥集团并购梅河制药有限公司后进行一期GMP技改项目，项目总投资9589.5万元，达产后形成提取中药500吨、胶囊剂1亿粒、丸剂5亿粒、口服液1亿支的生产能力。天津的中央药业改造历时3年多才完成，项目总投资6000万元，生产能力比过去大大增加。
然而扩充后的产能能得到充分利用吗？来自北京康派特医药经济技术研究中心的统计数据显示，通过GMP认证的企业中，约65%的生产线面临开工不足，新建或改建的GMP生产线处于闲置状态，特别是生物制药领域；约50%以上的企业老板在为新品种四处奔波；约60%的中小企业在不同程度承受着新品研发、银行还贷、营销渠道建设、资金缺乏的巨大压力。
对此于明德认为，GMP认证对医药企业来说是把双刃剑，一方面提升了制药档次与水平，另一方面使得竞争更加激烈，生存更加不易，过剩的产能若不能利用好随时可能成为企业的陷阱。他对记者说，解决这一问题需要企业与政府双方的努力：
一、以OEM形式为外资制药企业做加工，由于中国廉价的生产成本，外资药企一直都有意在中国做药品的生产外包，但中国药厂较落后的生产工艺和不稳定的产品质量很大程度上妨碍了这一模式的普及。可以说GMP认证为外资药企在中国的生产外包扫除了最大障碍。在江浙等地的制药企业已经开始这一尝试，如浙江海正为美国默克、苏州利达为美国惠氏的药品加工等等。全球著名制药企业已悉数进入中国，相信这应是一个较大的市场。
二、改变妨碍科技成果产业化的政策，如我国政府规定科研单位的成果不能委托药厂生产，而只能卖给法人，而这一法人还只能是制药企业，这在一定程度上降低了科研单位将成果转化为产品的积极性，也为制药企业的委托生产制造了障碍。于明德说，如果从这两方面努力，产能过剩的压力将得到较大缓解。