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孔雀石绿（Malachitegreen）又名碱性绿，商品名有草酸盐和氯化盐两种形式，为翠绿色有光泽的结晶，属三苯甲烷类染料。化学名称为四甲基代二氨基三苯甲烷，分子式为C23H25CIN2，结构式见图1，易溶于水、乙醇和甲醇，水溶液呈兰绿色。其在水生生物体中的主要代谢产物为无色孔雀石绿，无色孔雀石绿由于不溶于水，残留毒性比孔雀石绿更强。孔雀石绿在细胞分裂时阻碍蛋白肽的形成，使细胞内的氨基酸无法转化为蛋白肽，细胞分裂受到抑制，从而产生抗菌杀虫作用，因此，它可用作杀菌、驱虫剂，是药用染料中抗菌效力较强的一类，一般用于防治鱼类水霉病、烂鳃病以及寄生虫病等，也有人在运输过程中用作消毒剂，以延长鱼类的存活时间。
从上世纪90年代开始，国内外学者陆续发现，孔雀石绿及其代谢产物无色孔雀石绿具有高毒素、高残留、高致癌和高致畸、致突变等副作用。孔雀石绿也会引起鱼类的鳃和皮肤上皮细胞轻度炎症；使肾管腔有轻度扩张，肾小管壁细胞的胞核也扩大；更重要的是影响鱼肠中的酶，使酶的分泌量减少，从而影响鱼的摄食及生长。研究发现，孔雀石绿特别是其代谢物在水产品体内有明显的残留现象，其残留时间达到100天以上。
鉴于孔雀石绿的危害性，美国、日本、英国等许多国家已禁止其用于水产养殖业，我国也于2005年5月将孔雀石绿列入《食品动物禁用的兽药及其化合物清单》中，在经济鱼类（观赏鱼除外）养殖过程中使用。我国也于2002年5月将孔雀石绿列入《食品动物禁用的兽药及其化合物清单》中，禁止用于所有食品动物。由于孔雀石绿在水产养殖中抗菌效果较好，价格低廉，宣传力度不够等原因，使得不少养殖户还在使用。近来在我国市场及出口的鱼类中，屡次查出孔雀石绿阳性，欧盟专家组多次强烈要求我国政府对其进行监控，而我国目前没有稳定可靠的检测其残留的方。