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本区包括新疆自治区全部、青海及宁夏自治区的北部、内蒙古自治区西部以及甘肃西部和北部，本区内高山、盆地及高原相间分布，但高平原占绝大部分，沙漠及戈壁也有较大面积。本区日照时间长，干旱少雨，气温的日差较大。从北到南地跨干旱中温带、干旱南温带及高原温带。
全区中药资源约2000余种，其中植物类近2000种，动物类160种，矿物类约60种。不少种类的中药蕴藏量较大，其中在全国占重要地位的有：肉苁蓉（Cistanche deserticola，C. tubulosa）、锁阳（Cynomorium songaricum）、甘草（G1ycyrrhiza uralensis，G. glabra）、麻黄（Ephedra equisetina，E. sinica）、新疆紫草（Arnebia euchroma）、阿魏（ Ferula fukanensis，F. sinkiangensis）、枸杞子（Lycium barbarum）、伊贝母（Fritillaria pallidiflora）、红花（Carthamus tinctorius）、罗布麻（Apocynum venetum）、大叶白麻（Poacynum hendersonii，P. pictum）等，均有很大的产量。其他蕴藏量较大的中药材还有：雪荷花（Saussurea involucrata）、苦豆子（ Sophora alopecuroides）、马蔺子（Iris lactea var. chinensis）、银柴胡（Stellaria dichotoma var. lanceolata）及沙棘（Hippophae rhamnoides subsp． sinensis）等。动物类药材主要有马鹿茸（Cervus elaphus）。
本区的中药资源，需要对一些重要的野生中药，采取人工引种栽培措施，以扩大产量，如肉苁蓉、锁阳、阿魏、新疆紫草等。对一批珍稀濒危的药用动物，如赛加羚羊、马麝等应加强保护及繁殖。
本区的维药等民族药物，具有很丰富的内容，也应加速研究及开发。