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一、允许使用的肥料种类
（一）农家肥
农家肥是在农村中就地取材的自然肥料，它含有大量的有机质，又含有大量的氮、磷、钾和其他多种营养元素，长期施用能增进土壤的团粒结构，改善良土壤性质，提高土壤的保水、保肥能力和通气性，尤其适用于多年生药用植物和根及根茎类药用植物。常见的农家肥料有人粪尿、家畜粪尿、厩肥、堆肥、沤肥、沼气池肥、饼肥、禽粪和草木灰等，但上述农家肥料必须未经污染，施用时应经过充分发酵腐熟。
（二）绿肥
绿肥为青嫩植物直接翻压或割下堆沤所制成的肥料。豆科绿肥可以固定大气中的氮，富集土壤中的磷和钾。我国绿肥资源丰富，目前已栽培利用和可供栽培利用的绿肥色植物就有200多种，是中药材GAP种植中有待开发利用的重要天然肥源。在我国南方各省主要利用冬闲田栽培紫云英、金花菜、箭舌豌豆、肥田萝卜以及蚕豆、碗豆和油菜等作为来主要作物的肥源，而北方各省区以串生绿肥居多，种类有箭舌豌豆、草木犀、绿豆等。施用绿肥时由于会产生有机酸，要适量施用石灰以中和这些有机酸。
（三）秆肥
秆肥是重要有机肥源之一，作物秸秆含有相当数量的可为作物所必须的营养元素，在适宜条件下通过土壤微生物或牲畜消化的作用，可使营养元素返回土壤，被药用植物植株所吸收利用，称作秸杆还田。秸杆还田可采取堆沤还田、过腹还田（牲畜粪尿）、直接翻压还田、覆盖还田等多种形式。操作时秸杆要直接翻入土中，注意与土壤充分混合，不要产生根系架空现象，并加入含氮丰富的人畜粪尿，也可用一些氮素化肥，调节还田后的碳氮比为20：1。
（四）商品有机肥
以动植物残体、排泄物、生物废弃物等为原料加工制成的肥料。
（五）腐殖酸粪肥料
腐殖酸是动、植物残体在微生物作用下生成的高分子有机化合物，广泛存在于土壤及泥煤中，以含有腐殖酸的自然资源为主要原料制成，含有氮、磷、钾等营养元素及某些微量元素，有改良土壤性质、优化土壤结构、提高植物营养、刺激植物生长等作用。可作基肥和追肥用，也可以浸种、拌种和蘸根。常见的腐殖酸类肥料，有腐殖酸铵、腐殖酸磷、腐殖酸钾、腐殖酸钠、腐殖酸钙和腐殖酸氮磷等。
（六）微生物类肥料
由特定的微生物菌种生产的活性微生物制剂，具有无毒无害，不污染环境的特点。可通过微生物活动改善药用植物的营养或产生激素，促进植物生长，对减少中药材硝酸盐含量，改善中药材品质有明显效果。目前微生物肥料分为5类：①微生物复合肥。以固氮类细菌、活化钾细菌、活化磷细菌3类有益细菌共生体系为主，互不拮抗，能提高土壤营养供应水平，是生产无污染绿色中药材的理想肥源。②固氮菌肥。能在土壤中和药用植物根际固定氮素，为药用植物植株提供氮素营养。③根瘤菌肥。能提高根际土壤中氮素供应。④磷细菌肥。能把土壤中难溶性磷转化为可利用的有效磷，改善土壤中的磷素营养。⑤磷酸盐菌肥。能将土壤中的云母、长石等含钾的磷酸盐及磷灰石分解，释放出钾素营养。
（七）有机复合肥
有机和无机物质混合或化合制剂。例如，经无害化处理后的禽粪便，加入适量锌、锰、硼等微量元素制成的肥料。
（八）无机（矿质）肥料
包括矿物钾肥和硫酸钾、矿物磷粉、煅烧磷矿盐、粉状硫肥（限在碱性土壤中适量施用），石灰石（限在酸性土壤适量施用）。
（九）叶面肥料
叶面追肥中不得含有化学合成的生长调节剂。允许使用的叶面肥有微量元素肥料，即以铜、铁、锰、锌、硼等微量元素及有益元素配制的肥料。使用此类肥料要注意选择合适的浓度和用量，在确保肥效和药效的情况下，可结合病虫害防治，将肥料与农药混合喷施。
（十）植物生长辅助物质肥料
如用天然有机物提取液或接种有益菌类的发酵液，再添加一些腐殖酸、藻酸、氨基酸、维生素等营养元素配制的肥料。
（十一）允许使用的其他肥料
不含合成添加剂的食品，纺织工业品的有机副产品；不含防腐剂的鱼渣、牛羊毛废料、骨粉、氨基酸残渣、家畜加工废料、糖厂废料、城市生活垃圾等有机物制成的肥料。使用前一定要经过无害化处理，达到标准后才能使用，而且每年每公顷农田限制用量黏性土壤不超过45吨，沙性土壤不超过30吨。
二、限制使用化学肥料
《中药材生产质量管理规范》（GAP）在限制商品药材硝酸盐含量的同时，还要求在施肥过程中要保持或增加土壤肥力及土壤的生物活性。氮肥施用过多会使商品药材中的亚硝酸盐积累并转化为强致癌物质亚硝酸铵，同时还会使药材质地松散，易患病害，药用果实中含氮量过高还会促进腐烂，不易保藏。但生产无公害中药材不是绝对不用化学肥料（硝态氮肥要禁用），而是在大量施用有机肥的基础上，根据药用植物之需肥规律，科学合理地使用化肥，并要限量使用。原则上，化学肥料要与有机肥料、微生物肥料配合使用，可作基肥或追肥，有机氮与无机氮之比以1：1为宜（大约掌握厩肥1000kg加尿素20kg的比例）用化肥追肥应在采收前30天停用。
另外，要慎用城市垃圾肥料。各种肥料必须经国家有关部门批准后才能使用。