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然而，近年来我国一些道地产区在发展道地药材生产中，一些道地药材的种植呈下降趋势。如“浙八味”之一的杭白芍因质实沉重、有效成分高而备受一些知名企业青睐，但目前种植面积由原来最高年份的3000多亩已萎缩到不足600亩，且面积仍有不断减少的趋势。还有浙贝母中的精品--东贝，从历史最多年份的856亩下降到目前的不足30亩，面临灭绝危险。一些道地药材种植面积下降，固然与药材供求关系发生变化导致价格降低有关，但除了此原因外，还有其他诸多原因，如这些原因不引起重视和解决，势必会影响我国道地药材的可持续发展。笔者认为主要有以下六方面：
一、盲目引种，产区冲击是道地药材种植面积下降的主要原因
“要发财，种药材”，近几年在全国各地产业结构调整中，由于种植粮食等农作物效益低下，而种药材相对而言是短平快的首选项目，许多地方都把中药材产业作为支柱产业来抓，于是在全国兴起了一股引药材、种药材的热潮。一些药材品种出现了“南移北栽”现象。许多非“道地”药材产区也盲目种起了“道地药材”。次产区药材种植面积不断扩大，中药材供求发生了变化，供大于求，导致价格下降，药农受挫，主产区道地药材种植面积萎缩。
二、品种退化，种质混杂，导致品质参差不齐，使道地药材“道地”质量优势不明显
由于药农在药材种植过程中，不重视对优良品种的选育，并且在田间管理过程中，药农为追求高产，长期大剂量施用无机肥以及植物生长素，促使其生长速度加快，扰乱了药材自有的生物学特性。再加上道地药材大面积、低水平地重复建设，使其品种退化，产量降低，影响药农积极性，而且药材质量也有下降，影响销售。前些年，由于药材价格好，经济效益高，一些药农从外地引进同种但不同质的种子种苗种栽，造成道地药材种质混杂、品质不一，影响了道地药材的质量优势。
三、种植、生产、加工、贮存等分散无序，使药材质量不稳定，是导致道地药材竞争力不强的重要因素
尽管政府及一些中药制药企业十分重视中药材的规范化建设，但由于历史上传统的种植习惯及经营体制等原因，我国大部分中药材生产还没有摆脱千家万户分散种植经营的小农生产方式，集约化、规范化程度低。药农凭经验种植，生产方法不科学、不规范，缺乏全程质量监控，使道地药材质量有所下降，部分中药材农药残留及重金属含量超标，直接影响了中药质量的稳定可控。再者药材经营户在收获药材过程中往往表现为重重量轻质量，在收获加工期间对药材的干度、纯度不加注意，导致水分、灰分超标，以为药材重量大获得更多收入。再者药材经营户囤积药材没有标准化药材仓库，多采用租用私有房屋。这种房屋通风条件差，干燥避光程度不够。由于贮存条件简陋，贮藏方法简单，使不少药材腐烂霉变。为防止腐烂虫蛀，保护外观色泽，促进销售，药材经营户们多采用硫磺熏蒸办法，又致使一些药材硫磺严重超标，质量下降，不稳定。
四、知识产权保护工作滞后，缺乏“品牌”意识
由于以前我国对中医药知识产权保护重视不够、法律法规不够健全，使目前整个道地药材的知识产权保护工作还是滞后，一些道地药材的原产地保护也还没跟上，以至于出现道地药材南药北移、西药东种的现象。再者，缺乏“品牌”意识，为了营利，一些经营户让非道地产区的药材流进道地药材市场，充当“道地药材”，以假乱真、以次充好的现象时有发生。
五、劳动力成本上升，农民实行劳动力转移，一些土地被抛荒弃种，也是道地药材种植有所减少原因之一
随着城市化、城镇化步伐的加快，城镇就业岗位增多，农村劳动力成本从以前的每人每工30元上升到现在每人每工50元、60元。道地产区多数农民认为外出务工比在家种田合算，.从而弃种从工或弃种从商。
六、基础设施增多，相关产业发展，占用大量耕地，成为道地药材种植面积减少不可忽视的因素
近年来，随着社会经济的发展，我国各地基础设施建设项目增多，工程量大，如高速公路及其连接线、农村康庄工程、生产道路和新农村等建设项目占用了不少耕地。同时，各地相关产业发展，如旅游业开发、自然保护区建立、工业发展均占用了一定耕地，从而导致道地药材种植面积有所减少。