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一、中药指纹图谱的分类
这里主要指化学指纹图谱，不包括DNA(脱氧核糖核酸)指纹图谱。按所采用的实验方法来分为两类：光(波)谱指纹图谱；色谱指纹图谱。
二、与常规指纹分析的区别
常规指纹分析采用生物学的方法，其依据是源于先天的遗传，如人类的指纹分析(拱形、环形和螺纹形)用于犯罪学和法医学，有绝对的个体特异性，据此可对任何犯罪嫌疑人指证和控罪。
化学指纹图谱的分析依据是该物种后天的代谢产物，且大部分是次生的，对后天的生长环境依赖性很强，专属性比常规指纹分析差得多。
三、中药指纹图谱的获得
样品采集：固定品种、药用部位、产地、采收期和加工方法的10批以上药材，以及足够数量的及处方组成和用量固定、生产工艺稳定的中间体或成品。
方法研究：光(波)谱和色谱学方法。
标准图谱(共有图谱模式)确定：用相似性软件计算得到。
信息获取和处理：用微机的强大功能对未知样品进行相似性评价。
相关性的考察：对中间体和成品之间成分相关性进行比较要求严格。主要有光(波)谱、色谱技术。应选用仪器设备易得，且便于操作的方法。
光谱(UV、IR)和波谱(NMR、MS)指纹图谱由于灵敏度和选择性的限制，所以不能表达中药这样混合体系中各种不同化学成分浓度分布的整体状况。
色谱指纹图谱为首选方法，如TLCS、GC、HPLC和HPCE，并为SDA所推荐。
基本要求：色谱指纹图谱必须有良好的专属性、重现性和可行性。