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在普通的口腔内窥镜检查中，当仪器接触到喉部深处的舌根时，大多都会出现咽反射而感到恶心呕吐。咽反射是一种防止吞咽异物的生理反应，将牙刷放到嘴里刷牙时也会不由自主地出现“干呕”，这就是因为咽反射引起的。
对此，在鼻内窥镜检查中，导管不接触舌根就到达了食管和胃，因此患者在检查中几乎丝毫感觉不到恶心。由于鼻腔内涂了麻药，几乎没有任何疼痛。另外，由于患者可以与医生进行对话，可以看着显示器向医生提问，从而达到了安心治疗的效果。
鼻内窥镜检查是在细内窥镜导管上市以后开始推广普及的。原来使用的普通导管直径约８～１０ｍｍ，很难用于鼻内窥镜检查。在富士写真光机公司于２００２年２月上市直径５．９ｍｍ的导管后，鼻内窥镜检查就越来越多地被日本医生使用。
在发现病变的能力方面，较细的鼻内窥镜丝毫不逊色于普通的口腔内窥镜。设计鼻内窥镜检查法、并从２００２年２月开始在日常诊疗中使用的日本出云中央诊所（岛根县出云市）的宫协哲丸表示，在此前进行的２４４６例鼻内窥镜检查中，共发现早期癌症１４例、中期癌症９例。在２４４６例口内窥镜检查中，发现早期癌症１１例、中期癌症８例。
鼻内窥镜的缺点是在处理止血等内窥镜检查中出现的问题时有一定局限。因为导管较细，使用钳子的种类及数量受到了限制。但通过内窥镜检查实际发现病变的可能性只有１％左右。在发现病变后，就要通过口腔内窥镜等其他方法来处理。宫协表示：“需要精细检查的人最好是进行透视检查”。