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对于这个问题，目前有两种不同的观点。
其一是，《医疗事故处理条例》规定，医疗事故技术鉴定分首次鉴定和再次鉴定，分别由市级和省级医学会负责组织。一般情况下，再次鉴定的结论即认定是终审的鉴定结论，只要程序合法，委托部门原则上可据此进行判决或处理。所以，医疗事故技术鉴定是“两审终审”制。
其二是，除了上述两个级别的医学会组织医疗事故技术鉴定外，还可以启动中华医学会鉴定。这需要在当事方对首次及再次的鉴定结论不服时，经省级卫生行政部门、高级人民法院与中华医学会商请，才能启动鉴定程序。所以，医疗事故技术鉴定并非“两审终审”制。
笔者以为，上述观点都存在着对相关法律理解不到位的缺陷。根据《条例》的规定，中华医学会组织医疗事故技术鉴定并非鉴定的必经程序，所受理的鉴定应严格把握“必要时”的条件。对疾病转归和诊疗过程清晰，已经在地方医学会作出了公正的鉴定结论的，中华医学会一般不予受理。
因此看，在通常情况下，医疗事故技术鉴定应该是“两审终审”，但个别情况例外。“个别情况”是指什么呢？中华医学会的解释是：1.首次鉴定与再次鉴定结论截然相反，法院或卫生行政部门均难以采信的医疗事故争议。2.临床罕见病涉及多个学科，或死因争议属新技术所致，再次鉴定有困难的争议。3.诉讼要求赔偿标的高，在当地社会影响大的医疗争议。4.久拖不决，年代久远的遗留案件。5.再次鉴定的结论定性不准确，存在一定问题。
这也就是说，如果医疗事故争议属于上述5种情形之中的任何一种，医疗事故技术鉴定应该是“三审终审”制。