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相对于体外震波碎石术，内视镜体内碎石法则是借助内视镜在体内进行碎石治疗，治疗患者必须住院、上麻醉，将内视镜放到结石的位置后，再启动碎石波将结石击碎；而依据结石所在位置不同，所采取的内视镜有肾脏镜、输尿管镜和尿道膀胱镜。
肾脏镜：
直径约一公分，先在腰部做一、两公分的切口，直接从腰部皮肤进入肾脏，此碎石法称为“经皮肾脏镜碎石术PCNL”，对三至五公分的肾结石效果较好，但对更大的鹿角状结石也是力不从心。透过肾脏镜医师可以将结石直接夹出体外或击碎后再取出。
输尿管镜：
直径不到0.25公分，长度却有五十公分，是一种极精密的尖细内视镜，由尿道放入经膀胱逆溯输尿管而上。找到结石后，可用结石网套住结石取出，亦可使用最新的气动式碎石术，将结石有效、安全地击碎后一一取出。唯一的缺点是，因为人体的输尿管很细长，不一定能顺利将内视镜推进到结石处，尢其遇到肥胖或摄护腺肥大的病人，困难度更大。
尿道膀胱镜：
直径0.6至0.8公分，长约二十五公分，一样由从尿道进入，可检查尿道和膀胱处的结石，只做检查时可不用麻醉；若要施行碎石治疗，最好半身麻醉比较不痛苦。