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从女性外生殖器官的构造可以看出：女性的阴道口与尿道口、肛门邻近，而阴道口是女性内生殖器官与外界相通的开口，因此女性生殖器官容易受到外界致病因素的侵扰。但是，女性生殖道、生殖器官在解剖和功能方面有其比较完善的自然防御系统，因此并不会稍有病原体侵犯即引起妇科感染。这种自然防御系统包括：
(1)女性外阴的大、小阴唇两侧相合，像两道门一样将阴道口、尿道口遮掩起来。
(2)女性骨盆底有许多肌肉组织。在这些盆底肌肉的作用下，使阴道口平时处于闭合状态，阴道前、后壁紧贴，从而抵御外界致病因素的侵入。但对经产妇而言，阴道壁比较松驰，这项功能会有所减弱。
(3)妇女卵巢分泌的雌激素能促使阴道上皮细胞增生变厚，对病原体的抵抗力增强。另外，阴道上皮细胞内含有丰富的糖原，而正常妇女的阴道中寄生着一种叫阴道乳酸杆菌的细菌，它能使这些糖原分解为单糖，再分解成乳酸，使阴道内环境呈酸性，pH值保持在4 2～5。那些宜于在碱性环境中生长的病原体因此会受到抑制，这就是阴道的自净作用。
(4)在卵巢分泌的性激素的作用下，子宫颈粘膜的腺体能分泌出碱性粘液，形成粘液栓，堵塞宫颈管，将子宫颈管与外界环境隔离开，减少了细菌侵入的可能。曾有报道：在宫颈粘液栓的下1/3可以查出细菌，而粘液栓的上2/3则没有细菌查出。这可以说明，宫颈粘液栓对防止细菌上行感染有重要作用。另外，宫颈内口平时也处于闭合状态，同样可以阻止病原体的入侵。
(5)随着卵巢分泌的性激素的周期性变化，育龄期妇女的子宫内膜也发生周期性的剥脱，产生月经。随着子宫内膜的剥脱和经血的排出，侵入宫腔的病原体也得到清除的机会。
(6)输卵管粘膜的上皮细胞有些分化成纤毛细胞，这些纤毛能够向子宫方向摆动，加之输卵管的蠕动作用，都会对侵入输卵管的致病菌起到清除作用。