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乙肝疫苗虽提倡接种，但并不是所有的人都适宜接接种，有如下人群不适宜接种乙肝疫苗：有血清病、支气管哮喘、过敏性荨麻疹及对青霉素、磺胺等一些药物过敏者禁用。
低体重、早产、剖腹产等非正常出生的新生儿，暂时不宜接种乙肝疫苗。虽然乙肝疫苗对这部分新生儿并无害处，但因其自身的体质状况易发生偶合事件，因此最好推迟接种时间 。